在交通事故中双方都有责任时，检查费的处理需根据责任比例分担，具体如下：

1. 责任比例确定
   根据《道路交通安全法》及实施条例，交通事故责任由交警部门通过《交通事故责任认定书》划分，通常分为全部责任、主要责任、同等责任、次要责任。若双方均有责任，需明确具体比例（如主次责任按7:3、同等责任按5:5等），这是后续费用分担的基础。

2. 检查费分担原则
   检查费属于交通事故造成的直接损失，双方需按责任比例承担。例如：

• 若A负主要责任（70%），B负次要责任（30%），则A承担自身检查费的70%及B检查费的30%；B同理承担自身检查费的30%及A检查费的70%。
  
• 若双方同等责任（5:5），则各自承担自身检查费的50%，并赔偿对方检查费的50%。
  

1. 特殊情况处理
   

• 检查必要性争议：若一方认为对方的检查项目不合理（如过度检查），可要求对方提供医嘱或诊断证明，或通过司法鉴定确认检查必要性。
  
• 保险覆盖：若双方均投保交强险及商业三者险，检查费可先由保险公司赔付（交强险医疗费用限额内优先赔付，超出部分按商业险责任比例分担）。
  
• 协商或诉讼：若双方对责任比例或费用分担有争议，可协商解决；协商不成，可向法院提起民事诉讼，由法院根据证据和法律规定判决。

建议：

• 保留所有检查费发票、诊断证明、责任认定书等证据；
  
• 优先通过保险公司理赔，减少个人垫付；
  
• 若争议复杂，可进一步向我咨询具体操作流程。