执业中医师作为诊所法人负责人的协议是否有效，这主要取决于协议的具体内容以及是否符合相关法律法规的规定。以下从多个角度进行分析：
一、协议内容合法性
主体资格：
- 执业中医师作为具备专业资质的医疗人员，其作为诊所的法人负责人，在主体资格上是符合要求的。但需注意，法人负责人与实际经营者可以是同一人，也可以是不同的人，关键在于协议中的明确约定。
协议内容：
- 协议应明确双方的权利义务，包括但不限于诊所的管理、运营、财务、责任承担等方面。协议内容需合法合规，不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得约定非法行医、超范围经营等违法内容。
意思表示真实：
- 协议双方应基于真实意思表示签订协议，不存在欺诈、胁迫等情形。若协议是在一方受欺诈或胁迫的情况下签订的，则该协议可能因意思表示不真实而被认定为无效。
二、法律法规遵循
《医疗机构管理条例》：
- 根据该条例，医疗机构必须依法取得《医疗机构执业许可证》后方可开展诊疗活动。执业中医师作为诊所的法人负责人，需确保诊所已依法取得相关资质，并按照核准登记的诊疗科目开展诊疗活动。
《中华人民共和国民法典》：
- 协议作为民事法律行为，需符合民法典中关于民事法律行为效力的规定。如协议内容合法、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等，则协议有效。
三、可能的风险与后果
协议无效风险：
- 若协议内容违法或存在欺诈、胁迫等情形，可能导致协议无效。此时，双方需根据过错程度承担相应的法律责任。
行政处罚风险：
- 若诊所存在超范围经营、非法行医等违法行为，作为法人负责人的执业中医师可能面临行政处罚，如罚款、吊销执业证书等。
民事赔偿责任：
- 若因诊所的诊疗行为导致患者损害，作为法人负责人的执业中医师可能需承担相应的民事赔偿责任。
四、建议与措施
明确协议内容：
- 在签订协议前，双方应充分协商并明确协议内容，确保协议合法合规且符合双方真实意思表示。
审查资质与合规性：
- 执业中医师作为法人负责人，应确保诊所已依法取得相关资质，并按照核准登记的诊疗科目开展诊疗活动。同时，应定期对诊所的运营情况进行审查，确保合规性。
咨询专业律师：
- 在签订协议或遇到法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。虽然此处我作为金尚江律师已经给出了一些分析，但具体案件仍需具体分析。
总结来说，执业中医师作为诊所法人负责人的协议在内容合法、意思表示真实且符合相关法律法规规定的情况下是有效的。但为确保协议的有效性和避免潜在风险，建议双方在签订协议前充分协商并咨询专业律师。若您有任何关于医疗医患方面的法律问题，都可以直接向我咨询。