个人诊所自己做的协议，在符合一定条件下是有效的。具体来说：
协议内容的合法性：协议内容必须遵守国家法律法规，不得违反公序良俗，也不得侵犯他人的合法权益。如果协议内容存在违法或不当之处，那么该协议将可能被视为无效。
协议形式的规范性：虽然个人诊所可以自制协议，但协议的形式应当规范，至少应包含双方的基本信息、协议的具体条款、签订日期等要素。如果协议形式过于简陋或缺失关键信息，可能会影响其法律效力。
双方的真实意愿：协议的签订必须是双方自愿且真实的意思表示。如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等不正当手段，或者对协议内容存在重大误解，那么该协议将可能被视为无效或可撤销。
协议的证明力：在发生纠纷时，个人诊所自制的协议需要作为证据来证明双方的权利和义务。因此，协议应当妥善保存，并在必要时能够通过合法途径进行证明。
综上所述，个人诊所自己做的协议在内容合法、形式规范、双方真实意愿以及具备证明力的情况下，是有效的。然而，为了确保协议的法律效力和避免潜在的纠纷，建议个人诊所在制定协议时寻求专业法律人士的帮助，以确保协议的合法性和有效性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。