当您的机动车被追尾后，发现保险赔偿不足以覆盖修车费用时，您不必过于担心，因为仍有多种合法途径可以帮助您有效维护自身权益。以下是一些详细且具有深度的建议：

一、与对方车主协商沟通

1. 主动联系：首先，您应尽快与对方车主取得联系，详细说明修车实际费用超出了保险赔偿金额的情况。
2. 提供证据：为了增强说服力，您可以提供详细的修车明细账单、维修发票等作为佐证，让对方车主了解实际的修车成本。
3. 平和协商：在沟通过程中，保持理性、友好的态度，尝试与对方车主协商，看是否能够通过补充支付来弥补差额。

二、申请交警部门调解

1. 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，您有权请求公安机关交通管理部门进行调解。
2. 调解流程：您可以向当地交警部门报案，详细说明事故经过、保险赔偿情况以及当前面临的问题。交警部门将调查事故并尝试居中调解，依据责任划分确定合理的赔偿金额。

三、利用保险理赔途径

1. 通知保险公司：即使您已经与对方车主私了，仍然可以向自己的保险公司报案。如果您的车辆投保了车损险等相关险种，保险公司可能会根据合同约定进行理赔。
2. 配合勘查：保险公司会安排人员对您的车辆进行勘查，以确定损失程度。在此过程中，您需要积极配合并提供必要的证明文件，以便保险公司准确确定赔偿金额。

四、采取法律手段维权

1. 发送律师函：如果协商和调解均无果，您可以考虑委托律师向对方车主发送律师函，明确其法律责任及后果，催促其补足修车费用。律师函具有法律威慑力，有助于推动问题的解决。
2. 提起民事诉讼：若上述途径均未能解决问题，您可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，您需要准备充分的证据，如事故现场照片、私了协议、修车发票等，以证明您的权益受到了损害。法院将依法审理并作出判决。

五、注意事项

1. 保留证据：在整个过程中，务必妥善保存所有相关证据，包括通讯记录、维修单据、事故认定书等。这些证据将在后续的协商、调解或诉讼中发挥重要作用。
2. 遵循法律程序：务必通过合法途径解决问题，避免采取过激行为或非法手段。这不仅有助于维护您的合法权益，还能避免不必要的法律风险。
3. 执行判决：如果法院判决对方车主支付赔偿款而对方拒不履行，您可以向法院申请强制执行，以确保您的权益得到最终实现。

综上所述，当机动车被追尾后保险赔偿不够修车时，您应首先尝试与对方车主协商沟通；协商无果后，可依次考虑申请交警部门调解、利用保险理赔途径以及采取法律手段维权。在整个过程中，保持冷静、理性，并严格遵循法律程序，是有效维护自身权益的关键。