核心结论：若存入他人公司款项无法收回，需根据款项性质、双方约定及证据情况，通过协商、诉讼或仲裁等途径解决。以下是具体分析：

1. 明确款项性质与双方约定

• 借款关系：若款项为借款，需核查是否有书面借款合同、借条、转账记录等证据。若证据充分，可直接以“民间借贷纠纷”为由起诉对方公司，要求返还本金及利息（如有约定）。
• 投资款或合作款：若款项为投资或合作性质，需审查合作协议、公司章程等文件，确认双方权利义务。若对方公司未履行约定（如未分配利润、未办理股权登记等），可依据协议主张权利，或要求解除合作并返还款项。
• 其他性质：如款项为预付款、定金等，需根据具体约定及法律规定处理（如定金罚则）。

2. 收集并固定证据

• 书面证据：包括合同、协议、借条、收据、转账凭证等，需确保证据真实、合法且与案件关联。
• 沟通记录：如微信、邮件、短信等聊天记录，可证明双方对款项的约定及对方未履行义务的事实。
• 证人证言：若有第三方见证或知情，可申请证人出庭作证。

3. 协商与调解

• 直接协商：尝试与对方公司沟通，明确还款计划或解决方案。协商过程中可录音或留存书面记录。
• 第三方调解：通过行业协会、商会或人民调解委员会等机构调解，达成调解协议后可申请司法确认，赋予强制执行力。

4. 诉讼或仲裁

• 诉讼：若协商无果，可向法院提起民事诉讼。需准备起诉状、证据材料等，并注意诉讼时效（一般为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算）。
• 仲裁：若双方约定仲裁条款，需向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁裁决具有终局性，但需注意仲裁条款的效力及仲裁机构的选择。

5. 执行与救济

• 申请执行：若获得胜诉判决或仲裁裁决，可向法院申请强制执行，查封、扣押、拍卖对方财产。
• 破产程序：若对方公司资不抵债，可申请其破产，在破产程序中申报债权，按比例受偿。
• 刑事报案：若对方涉嫌诈骗、挪用资金等犯罪，可向公安机关报案，追究刑事责任。

6. 风险提示

• 证据不足风险：若证据不充分，可能导致败诉或无法全额追回款项。
• 执行难风险：即使胜诉，若对方无财产可供执行，可能面临执行不能。
• 诉讼成本：诉讼或仲裁需支付律师费、诉讼费等费用，需权衡成本与收益。

建议：根据具体情况选择合适途径，优先协商调解，若无法解决则及时启动法律程序。如有疑问或需进一步帮助，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业建议。