核心结论：机关工作人员若将补贴发错且多发了90多万，需根据具体情况，从内部处理、民事法律责任、刑事法律责任等角度综合考量处理方式。以下是详细分析：

1. 内部处理层面
   • 及时报告：工作人员一旦发现补贴多发情况，应第一时间向所在机关的财务部门、上级领导等相关负责人报告。如实说明发错补贴的具体情况，包括多发金额、涉及人员等信息，以便机关及时采取措施。例如，某机关财务人员在发放补贴时，因操作失误多发了90多万给部分员工，该财务人员发现后立即向财务主管报告，为后续处理争取了时间。
   • 配合调查：积极配合机关内部成立的调查小组或相关部门对事件进行调查。提供与补贴发放相关的所有资料，如发放记录、审批文件、操作流程等，协助查明多发补贴的原因和具体环节。比如，调查小组可能会要求工作人员提供补贴发放时的系统操作截图、数据录入记录等，工作人员应如实提供。
   • 协助追回：按照机关的要求，协助与多发补贴的接收人进行沟通，说明情况并要求其退还多发的补贴。在沟通过程中，要保持礼貌和耐心，向接收人解释多发补贴属于不当得利，依法应当返还。如果接收人拒绝退还，机关可以通过合法途径进一步追讨。
2. 民事法律责任层面
   • 不当得利返还义务：根据《中华人民共和国民法典》规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。在这种情况下，机关作为受损失方，有权要求多发补贴的接收人返还多发的90多万。工作人员应协助机关收集相关证据，如补贴发放记录、沟通记录等，以支持机关向接收人主张返还权利。
   • 赔偿损失：如果因为工作人员的过错导致机关在追回多发补贴过程中产生了额外的费用，如诉讼费、律师费等，机关有权要求工作人员承担相应的赔偿责任。例如，由于工作人员未能及时报告和处理，导致机关不得不通过诉讼方式追讨补贴，产生了较高的诉讼费用，工作人员可能需要按照一定比例承担这部分费用。
3. 刑事法律责任层面
   • 是否构成犯罪的判断：如果工作人员在发放补贴过程中存在故意或重大过失，且情节严重，可能涉嫌构成犯罪。例如，工作人员与补贴接收人恶意串通，故意多发补贴并从中谋取私利，可能构成贪污罪或职务侵占罪；如果工作人员严重不负责任，不认真履行职责，导致国家利益遭受重大损失，可能构成玩忽职守罪。
   • 刑事责任的承担：一旦工作人员的行为被认定为犯罪，将面临刑事处罚。根据犯罪的具体情节和后果，可能被判处有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。例如，构成贪污罪且数额特别巨大的，可能被判处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处罚金或者没收财产。

机关工作人员在处理此类事件时，应严格遵守法律法规和机关的规章制度，积极采取措施纠正错误，尽量减少损失。如果对具体的法律问题存在疑问，可以直接向我咨询。