结论前置：超市转让仅签订协议书而不进行工商变更登记，在法律上存在一定风险，不建议仅依赖协议书而不进行变更登记。以下从不同角度详细分析：
一、法律层面分析
合同效力：
- 超市转让协议书，若双方意思表示真实，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，则该协议书在双方之间是有效的。这意味着，从合同法的角度来看，双方应当按照协议书的约定履行各自的义务。
工商变更登记的重要性：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司（包括超市等商业实体）的转让，特别是涉及股权或经营权的变更，通常需要进行工商变更登记。这一步骤不仅是对公司外部公示其经营状态、股东结构等重要信息的方式，也是保护交易安全、维护市场秩序的重要手段。
- 若未进行工商变更登记，从法律上讲，超市的法定经营者可能仍为原登记人，这可能导致在对外经营、签订合同、承担债务等方面产生法律纠纷。例如，若超市在转让后因经营问题产生债务，债权人可能仍会向原登记人追偿，而原登记人则可能因已转让超市而拒绝承担，从而引发不必要的法律争议。
二、实际操作层面分析
交易安全：
- 进行工商变更登记可以确保超市转让的公开透明，减少信息不对称带来的风险。对于受让方而言，变更登记后，其作为超市的新经营者，将更直接地享有超市的经营权益，并承担相应的法律责任。
- 若未进行变更登记，受让方在经营过程中可能面临诸多不便，如无法以超市名义签订合同、无法办理相关证照等，这些都可能影响超市的正常运营。
后续纠纷处理：
- 在超市转让过程中，若仅签订协议书而不进行变更登记，一旦发生纠纷，双方可能因证据不足或法律关系不明确而陷入漫长的诉讼程序。这不仅会耗费双方大量的时间和精力，还可能对超市的经营造成不利影响。
- 相比之下，若进行了工商变更登记，则双方的法律关系将更加清晰明确，一旦发生纠纷，也更容易通过法律途径解决。
三、建议
完善转让手续：
- 在超市转让过程中，除了签订详细的转让协议书外，还应及时办理工商变更登记手续。这不仅可以确保交易的合法性和安全性，还可以为双方后续的经营活动提供法律保障。
咨询专业律师：
- 超市转让涉及的法律问题较为复杂，建议双方在转让过程中咨询专业律师的意见。律师可以根据双方的具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案，帮助双方顺利完成转让手续并避免潜在的法律风险。
总结来说，超市转让仅签订协议书而不进行工商变更登记在法律上存在风险。为了确保交易的合法性和安全性，建议双方在转让过程中完善相关手续并及时咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。