农民自己开垦土地的处理方式，需根据土地的所有权性质、开垦行为的具体情况以及相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、总体原则
私自开垦土地是违法行为，它不仅违反了《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，还可能对土地资源和生态环境造成破坏。因此，一旦发现此类行为，相关部门将依法进行查处，并根据违法情节的严重程度采取相应的处理措施。
二、荒地属于集体土地的处理方式
未造成严重不良后果
- 若农民擅自开垦的是本集体组织所有的荒地，且未对生态环境和土地资源造成严重破坏，同时符合土地利用总体规划，那么村集体可以要求开垦者与村集体签订承包合同，使开垦行为合法化，并支付相应的承包费用。
造成一定破坏或违反规划
- 若开垦行为导致土地沙化、水土流失等破坏，或违反土地利用总体规划，村集体有权责令开垦者停止开垦，并要求恢复土地原状。如果开垦者拒不执行，村集体可以向相关部门反映，由政府部门介入处理，可能包括罚款、没收违法所得等措施。
三、荒地属于国有土地的处理方式
一般开垦情况
- 农民擅自开垦国有荒地，县级以上人民政府自然资源主管部门会责令其退还非法占用的土地。若开垦行为符合土地利用总体规划，可能会没收在荒地上新建的设施等；若不符合规划，则要求限期拆除并恢复原状，同时还可能处以罚款。
开垦特殊土地
- 湿地：违法开垦湿地，将面临责令停止违法行为、限期修复湿地、没收违法所得及罚款等处罚。破坏国家重要湿地者，罚款将更为严厉。
- 草原：非法开垦草原，构成犯罪的将依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，责令停止违法行为，限期恢复植被，并处以罚款；造成损失的，还需依法承担赔偿责任。
- 林地：未经批准擅自改变林地用途的，责令限期恢复植被和林业生产条件，并可处以罚款。造成林木毁坏的，还需补种树木或支付相应罚款。
四、通用处理措施与建议
立即停止与恢复：若开垦行为违法或破坏环境，农民应立即停止开垦，并采取必要措施恢复土地原状，如补种树木、恢复植被等。
依法申请审批：如果农民希望继续开垦荒地，应按照要求向当地政府部门提交申请，并经过审批获得合法手续。这是避免法律风险的关键步骤。
缴纳相关税费：在开垦过程中，农民需按规定缴纳土地使用费、耕地占用税等相关税费。这是合法开垦的必要条件。
接受监管与处罚：对于违反法律法规的开垦行为，农民将接受政府部门的监管和相应处罚，包括警告、罚款、没收违法所得等。因此，建议农民在开垦前充分了解相关法律法规和政策规定。
五、法律后果与提醒
- 私自开垦土地的行为人将面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、恢复土地原状等。若行为造成的后果严重，如破坏生态环境、影响土地资源的合理利用等，还可能构成犯罪，被依法追究刑事责任。
- 建议农民增强法律意识，遵守相关法律法规，合理开发利用土地资源。如发现他人私自开垦土地，任何单位或个人均可向当地的自然资源部门或其他相关管理部门举报，由政府部门依法进行调查和处理。
综上所述，农民在擅自开垦荒地前应充分了解相关法律法规和政策规定，确保自己的行为合法合规。如遇问题或疑虑，应及时咨询当地政府部门或专业律师的意见，以避免不必要的法律风险和经济损失。