林权证被撤销后，承包合同项下林地的归属需根据撤销原因、合同效力及实际履行情况综合判定，具体处理方式如下：

1. 若林权证因登记错误被撤销，且承包合同合法有效
   根据《民法典》第234条，物权归属有争议的，可依法确认权利。此时需分两步处理：

   • 第一步：确认实际权利人：若林地实际由承包人长期经营（如种植林木、缴纳承包费），且发包方（如村集体）未提出异议，承包人可主张基于事实行为取得林地经营权，要求重新办理林权登记。
     
   • 第二步：审查合同履行：若承包合同未违反法律强制性规定（如未改变林地用途），且承包人已履行主要义务（如支付承包费），合同效力不受林权证撤销影响，林地仍由承包人继续使用。

2. 若林权证因发包方无权处分被撤销（如未经村民会议同意发包）
   根据《农村土地承包法》第52条，发包方未依法定程序发包林地的，承包合同可能被认定无效。此时：

   • 合同无效后果：林地应返还给原权利人（如村集体或村民小组），承包人已投入的改良费用（如植树、修路）可要求发包方适当补偿。
     
   • 例外情形：若承包人善意（不知发包方无权处分）且已实际经营多年，可能参照《民法典》第311条善意取得制度，保留部分权益，但需以法院裁判为准。

3. 若林权证因承包人违法使用被撤销（如擅自改变林地用途）
   根据《森林法》第73条，擅自改变林地用途的，由林业主管部门责令限期恢复，并处罚款。此时：

   • 合同解除风险：发包方有权以承包人根本违约为由解除合同，收回林地。
     
   • 损失赔偿：承包人需承担恢复林地原状的费用，并赔偿发包方因此遭受的损失（如林木收益损失）。

行动建议：

• 立即收集证据：包括承包合同、缴费凭证、经营记录（如购苗发票、劳务合同）、林权证撤销决定书等，以证明实际经营情况及合同履行情况。
  
• 协商或诉讼：优先与发包方协商重新签订合同或补偿方案；若协商不成，可在知道林权证被撤销之日起3年内向法院起诉，主张权利。
  

提示：林权纠纷涉及行政、民事交叉问题，处理周期可能较长，建议尽早委托律师介入，避免证据灭失或权利过期。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。