当承包合同被确认无效后，若该合同是林权证登记的依据，那么您可以通过法定程序申请注销林权证。以下是注销林权证的具体步骤和注意事项：
一、确认合同无效的依据
首先，您需要明确导致合同无效的具体法律原因，如违反法律法规、违背公序良俗等。只有合同被确认为无效，才能作为后续注销林权证的依据。
二、收集证据
接下来，您需要收集能够证明合同无效的相关证据。这些证据可能包括合同文本、双方的往来通信、相关法律法规的规定，以及任何能证明合同无效的其他材料。这些证据将用于支持您注销林权证的请求。
三、向相关部门申请注销
您需要向颁发林权证的林业部门或相关行政管理部门提交注销申请。在申请中，您应详细说明合同无效的理由，并附上相关证据。确保申请内容清晰、准确，以便相关部门能够迅速理解并处理您的请求。
四、部门审查与处理
相关部门将对您的申请进行审查，核实合同无效的情况。如果认定您的申请符合要求，部门将启动注销程序，并依法办理注销林权证的手续。在此过程中，您可能需要配合部门提供额外的信息或文件。
五、公示与公告
在注销林权证后，相关部门可能会进行公示或公告，以确保注销行为的公开透明，并告知相关利害关系人。这是为了保障所有相关方的权益，避免因信息不对称而产生的纠纷。
注意事项
地区差异：具体的注销程序可能因地区和法律法规的不同而有所差异。因此，在申请注销前，建议您先了解当地的具体规定和要求。
法律途径：如果您对部门的处理结果不服，可以通过行政复议或行政诉讼等途径解决。在法律程序中，确保您有充分的证据和理由来支持您的主张。
及时行动：一旦发现合同无效，应尽快采取行动申请注销林权证，以避免可能产生的法律风险和纠纷。
总之，当承包合同被确认无效后，若该合同是林权证登记的依据，您可以通过上述步骤申请注销林权证。在整个过程中，保持与相关部门的沟通，并确保您有充分的证据和理由来支持您的请求。