结论：关于被告鉴定出的单位所盖的章没有备案且是工程做资料等用，在案件中是否可以使用的问题，这主要取决于该章的使用是否符合法律规定以及是否能够代表单位的真实意思表示。以下从不同角度进行分析：

1. 公章的效力与备案：

   • 公章是单位对外行使权力的象征，具有法律效力。一般来说，经过备案的公章在法律上更具公信力，因为备案过程本身是对公章真实性和合法性的一种确认。
   • 如果单位所盖的章未经备案，这并不意味着该章就完全没有法律效力。关键在于该章是否能够代表单位的真实意思表示，以及在使用过程中是否得到了单位的授权或认可。

2. 工程资料用章的特殊性：

   • 在工程建设领域，为了管理和方便，单位可能会刻制一些专门用于工程资料的章。这些章虽然可能不是正式的公章，但在特定范围内（如工程资料管理）具有特定的法律效力。
   • 如果这类章在使用过程中得到了单位的明确授权，且用于其设计目的（即工程资料管理），那么它们在相关案件中是可以被认可的。

3. 案件中的具体应用：

   • 在案件中，法院会综合考虑多种因素来判断该章的效力，包括但不限于：章的刻制是否合法、使用是否得到单位授权、使用范围是否符合设计目的、是否造成了实际损害等。
   • 如果被告能够证明该章虽然未经备案，但确实是单位为了工程资料管理而刻制，且在使用过程中得到了单位的明确授权，那么该章在案件中是可以被使用的。

4. 法律建议：

   • 对于被告而言，如果面临此类问题，应积极收集证据证明该章的使用是合法且得到单位授权的。这可能包括单位内部的授权文件、使用记录、证人证言等。
   • 同时，被告也可以考虑与原告进行协商，寻求和解或调解的可能性，以避免不必要的法律纠纷和损失。

进一步思考：在实际操作中，每个案件的具体情况都是独特的，因此无法一概而论地判断未经备案的工程资料用章在案件中是否可以使用。如果面临此类问题，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的法律策略。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。