结论：法院拍卖的房子如果是两个人合拍，确实可以有两份证，并且这两份证上可以明确标注各自的份额比例。
法律背景与解释：
共有权的概念：在房产领域，当两个或两个以上的主体共同拥有一处房产时，他们之间就形成了共有关系。这种共有关系可以是按份共有，也可以是共同共有。按份共有意味着每个共有人按照其份额享有房产的权利和承担义务；共同共有则是指共有人对房产不分份额地共同享有权利和承担义务。在法院拍卖的房产中，如果两个或多个竞拍人共同竞得，他们可以选择按份共有，即明确各自在房产中的份额。
产权证的办理：在房产交易完成后，需要办理产权证以确认房产的归属和共有情况。对于按份共有的房产，产权证上会明确标注每个共有人的姓名、身份证号码以及各自所占的份额比例。因此，在法院拍卖的房子被两个人合拍的情况下，他们可以分别获得产权证，并且这些产权证上会明确标注各自的份额比例。
实际操作中的注意事项：
- 竞拍前的协商：在参与法院拍卖前，两个或多个竞拍人应该就房产的共有方式、份额比例等事项进行充分协商，并达成一致意见。这有助于避免在竞拍成功后因共有问题产生纠纷。
- 竞拍协议的签订：为了确保双方的权益得到保障，竞拍人可以在竞拍前签订一份竞拍协议，明确各自的权利和义务，包括房产的共有方式、份额比例、管理使用等事项。
- 产权证的办理流程：在竞拍成功后，竞拍人需要按照法院的要求和相关法律法规的规定，及时办理房产的过户手续和产权证的办理。在办理产权证时，需要提供相关的证明材料和文件，如竞拍成交确认书、身份证明、共有协议等。
法律建议：
- 如果您打算与他人合拍法院拍卖的房子，建议您在竞拍前就房产的共有方式、份额比例等事项进行充分协商，并签订竞拍协议以明确双方的权利和义务。
- 在办理产权证时，确保所有共有人的信息都被准确无误地记录在产权证上，包括各自的份额比例。
- 如果在共有过程中遇到任何纠纷或问题，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和解决方案。
可能的法律后果：
- 如果竞拍人未能在竞拍前就房产的共有方式、份额比例等事项达成一致意见，或者在办理产权证时未能提供准确的证明材料和文件，可能会导致产权证办理失败或者产生纠纷。
- 如果共有人在共有过程中未能按照约定履行各自的义务或者侵犯了他人的权益，可能会面临法律责任和赔偿风险。
因此，在合拍法院拍卖的房子时，请务必谨慎处理共有事宜，并咨询专业律师以确保您的权益得到充分保障。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。