结论：实际已经竣工但未办理竣工验收的情况下能否付款，需根据合同约定、法律规定及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果建设工程合同中明确约定了付款条件，包括竣工验收作为付款的前提条件，那么未办理竣工验收时，发包方有权依据合同拒绝付款或仅支付部分款项，直至验收合格。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若合同明确约定了付款与验收的关联，则应遵循此约定。
合同未明确约定：
- 若合同未明确将竣工验收作为付款的必要条件，那么发包方不能仅凭未验收为由拒绝付款。此时，承包方有权要求发包方按照合同约定的付款进度或实际完成的工作量支付相应款项。
- 建议：在此情况下，双方应协商确定付款事宜，或参考行业惯例、交易习惯等确定合理的付款方式。
二、法律规定角度
竣工验收的法定性：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条，交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。
- 分析：虽然法律强调了竣工验收的重要性，但并未直接规定未验收即不能付款。然而，从保护工程质量、维护公共利益的角度出发，发包方在验收前支付全部款项可能面临一定风险。
付款义务的独立性：
- 付款义务与验收义务在法律上通常是独立的。除非合同中有特别约定，否则发包方不能仅因未验收而免除其付款责任。
- 例外情况：如果承包方存在严重违约行为（如工程质量不合格、未按时完工等），发包方有权根据合同约定或法律规定拒绝付款或要求赔偿。
三、实际情况角度
工程实际完成情况：
- 如果工程已实际完成且质量合格，仅因程序上的原因（如资料不全、手续未办妥等）导致未验收，那么发包方应考虑与承包方协商，在确保工程质量的前提下，先行支付部分或全部款项。
- 风险：发包方在未验收前支付款项可能面临工程质量问题、保修责任等风险。因此，在支付前应要求承包方提供必要的担保或承诺。
双方协商与妥协：
- 在实际操作中，双方往往通过协商来解决付款与验收之间的矛盾。例如，可以约定在验收前支付部分款项，验收合格后再支付剩余款项；或者约定由第三方机构进行临时验收，作为付款的依据。
- 建议：双方应本着公平、合理的原则进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
总结与建议：实际已经竣工但未办理竣工验收的情况下能否付款，需根据合同约定、法律规定及实际情况综合判断。如果合同有明确约定，则应遵循合同约定；如果合同未明确约定，则双方应协商确定付款事宜。在任何情况下，都应确保工程质量符合标准，并保护双方的合法权益。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。