结论概述：针对“试验列车撞施工人员事故被督办，事故调查程序是否合法合规”的问题，结合新闻背景，事故调查程序是否合法合规需依据具体调查行为是否符合《生产安全事故报告和调查处理条例》等相关法律法规的规定来判断，目前从国务院安委会挂牌督办及联合工作组赶赴现场指导等举措来看，体现了对事故调查的重视和规范要求，但具体程序合法性需进一步依据调查细节确认。以下从多个维度进行详细分析：
一、事故调查程序的法律依据
根据《生产安全事故报告和调查处理条例》等相关法律法规，事故调查程序通常包括事故报告、事故调查组的成立、事故调查、事故原因分析、事故责任认定、事故处理建议提出以及事故调查报告的编制和公布等环节。这些环节均需依法进行，确保事故调查的公正性、客观性和准确性。
二、新闻背景中事故调查程序的合法性分析
事故报告与应急响应：新闻中提到，接报后应急管理部立即作出部署，要求尽快核清人数，全力做好抢险救援、救治伤员和善后处置等工作。这符合事故发生后，相关单位应立即报告并启动应急响应程序的法律规定。
事故调查组的成立与调查：国务院安委会办公室已会同国家铁路局、国铁集团组成联合工作组赶赴现场指导事故处置和调查工作。这表明事故调查组的成立符合多部门联合调查的原则，且调查工作得到了高层的重视和指导，有助于确保调查的公正性和专业性。
挂牌督办的意义：国务院安委会决定对该起事故查处挂牌督办，这体现了对事故调查的严格监督和规范要求。挂牌督办通常意味着事故调查将受到更高层次的关注和监督，有助于推动事故调查的深入进行和结果的公正处理。
三、事故调查程序可能存在的合法性考量点
调查组的组成与独立性：虽然新闻中提到了联合工作组的成立，但具体调查组成员的构成、专业背景以及是否存在利益冲突等，仍是判断调查程序合法性的重要考量点。调查组应确保成员的独立性和专业性，以避免调查结果受到不当影响。
调查过程的公开透明：事故调查过程应保持公开透明，接受社会监督。这包括调查进展的及时通报、调查结果的公开公布等。公开透明的调查过程有助于增强公众对调查结果的信任度。
事故原因分析与责任认定：事故原因的分析应全面、客观、准确，责任认定应依法依规进行。这要求调查组在调查过程中充分收集证据，运用科学方法进行分析，确保事故原因和责任认定的准确性和公正性。
四、对公众的启示与建议
增强安全意识：对于施工作业人员而言，应增强安全意识，严格遵守安全操作规程，避免进入危险区域。对于列车运行单位而言，应加强安全管理，确保列车运行安全。
关注事故调查进展：公众应关注事故调查的进展和结果，了解事故原因和责任认定情况。这有助于增强公众对安全生产的认识和重视程度。
依法维权：如果事故涉及个人权益受损，相关人员应依法维权，通过合法途径寻求赔偿和救济。
综上所述，结合新闻背景来看，目前事故调查程序在应急响应、调查组成立与调查以及挂牌督办等方面均体现了对合法合规的重视和要求。然而，具体程序是否完全合法合规仍需依据调查细节来进一步确认。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律分析，请直接向我咨询。