人伤事故中，车辆已修复且赔付完成，但人伤尚未恢复的情况下，交通管理部门或相关调查机构仍可能会继续调查非法营运的问题。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、非法营运调查的独立性

非法营运的调查通常与事故的具体处理（如车辆修复、人伤赔付）是相对独立的。交通管理部门或相关机构在发现或怀疑存在非法营运行为时，有权进行独立的调查。这种调查不依赖于事故是否已经处理完毕或人伤是否恢复。

二、调查的法律依据

根据相关法律法规，非法营运是违法行为，交通管理部门有责任和义务对此进行查处。即使事故已经处理完毕，如果调查过程中发现或怀疑存在非法营运行为，相关部门仍会继续深入调查，并依法作出处理。

三、调查的可能触发因素

1. 事故中的异常情况：如果在事故处理过程中，发现车辆存在异常（如无营运资质却从事营运活动），这可能成为触发非法营运调查的因素。
2. 举报或投诉：如果有第三方举报或投诉车辆存在非法营运行为，相关部门也会启动调查程序。
3. 常规检查或抽查：交通管理部门在进行常规检查或抽查时，如果发现车辆存在非法营运的嫌疑，也会进行深入调查。

四、用户应如何应对

1. 配合调查：如果相关部门启动非法营运的调查程序，用户应积极配合，提供必要的资料和证据。
2. 了解法律后果：非法营运是违法行为，一旦查实，将面临罚款、没收违法所得等法律后果。用户应了解这些法律后果，并做好相应的准备。
3. 寻求法律帮助：如果用户对调查过程或法律后果存在疑问，可以寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。

五、特殊情况下的处理

如果人伤事故涉及复杂的法律关系或多方责任，非法营运的调查可能会与事故责任认定、赔偿等问题交织在一起。在这种情况下，用户更应积极配合相关部门的调查，并寻求专业律师的法律指导，以确保自己的权益得到妥善保护。

总结与建议：人伤事故中，即使车辆已修复且赔付完成，但人伤尚未恢复的情况下，交通管理部门或相关调查机构仍可能会继续调查非法营运的问题。用户应了解非法营运调查的独立性、法律依据以及可能触发调查的因素，并积极配合相关部门的调查工作。如果有任何疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。