结论：在商家多收1000元但被及时发现并未实际支付的情况下，一般不能直接要求商家进行赔偿，但可以要求商家纠正错误，并视情况考虑是否因商家的行为遭受了其他实际损失而要求赔偿。
分析说明：
合同纠纷的基本原则：
- 在货物买卖合同中，双方应当遵循诚实信用原则，按照约定履行各自的义务。商家多收款项，显然违反了这一原则，构成了合同履行中的不当行为。
未实际支付的情况下的法律后果：
- 由于您及时发现并未实际支付这多收的1000元，因此从金钱损失的角度来看，您并未遭受直接的经济损失。在此情况下，要求商家直接进行金钱赔偿可能缺乏法律依据，因为赔偿通常是为了弥补实际发生的损失。
商家的纠正义务与您的权利：
- 商家在发现多收款项后，有义务立即纠正这一错误，如退还多收的款项或调整账单等。您有权要求商家履行这一纠正义务，以确保合同的公平和诚实信用原则得到维护。
可能的其他损失与赔偿：
- 如果商家的多收款项行为给您造成了其他实际损失（如因处理此事而产生的交通费、误工费等），您可以考虑要求商家对这些损失进行赔偿。但这种情况下，您需要提供相应的证据来证明这些损失的实际发生和与商家行为的因果关系。
行动建议：
- 与商家沟通：首先，您可以与商家进行沟通，指出其多收款项的错误，并要求其立即纠正。这通常是解决此类问题的最直接和有效的方式。
- 保留证据：在与商家沟通的过程中，建议您保留好相关的证据，如账单、聊天记录等，以备不时之需。
- 考虑法律途径：如果商家拒绝纠正错误或给您造成了其他实际损失，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在此情况下，建议您咨询专业律师（比如我哦，我擅长民间借贷、合同纠纷领域，有问题可以直接向我咨询），以了解具体的法律程序和可能的结果。
特殊场景提醒：
- 如果商家的多收款项行为构成欺诈或故意误导消费者，那么您可能还有权根据消费者权益保护法的相关规定要求商家进行额外的赔偿。但这种情况需要具体的证据来支持您的主张。