针对代理公司与采购人对资格审查不合格供应商提出质疑的情况，可以依据《中华人民共和国政府采购法》的相关条款进行回复，具体如下：
质疑提出与受理的法律依据：
- 根据《中华人民共和国政府采购法》第五十二条：“供应商认为采购文件、采购过程和中标、成交结果使自己的权益受到损害的，可以在知道或者应知其权益受到损害之日起七个工作日内，以书面形式向采购人提出质疑。”这一条款明确了供应商在认为自身权益受损时，有权向采购人提出质疑，并规定了提出质疑的期限和形式。
质疑内容的具体指向：
- 在本案例中，供应商对资格审查不合格的结果提出质疑，这直接关联到采购过程中的资格审查环节。虽然《政府采购法》未直接规定资格审查不合格的具体质疑条款，但根据质疑的一般原则，供应商可以就资格审查的标准、程序、结果等提出质疑，认为这些方面存在不公正、不合理或违反法律法规的情况。
采购人处理质疑的义务：
- 依据《中华人民共和国政府采购法》第五十三条：“采购人应当在收到供应商的书面质疑后七个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商，但答复的内容不得涉及商业秘密。”这一条款规定了采购人处理质疑的期限和形式，要求采购人及时、公正地处理供应商的质疑，并给出书面答复。
质疑处理结果的复议或诉讼途径：
- 如果供应商对采购人的答复不满意，或者采购人未在规定期限内作出答复，供应商还可以根据《中华人民共和国政府采购法》第五十五条：“质疑供应商对采购人、采购代理机构的答复不满意或者采购人、采购代理机构未在规定的时间内作出答复的，可以在答复期满后十五个工作日内向同级政府采购监督管理部门投诉。”以及后续可能涉及的行政复议或行政诉讼程序，进一步维护自己的合法权益。
在回复供应商的质疑时，采购人可以明确引用上述法律条款，说明质疑的提出、受理、处理以及后续复议或诉讼的法律依据和程序。同时，采购人也应确保资格审查过程的公正性、透明性和合法性，以减少不必要的质疑和纠纷。
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