企业是否只能依据登记过户时间享有土地使用权，而非协议约定时间，需分情况讨论：

1. 一般情况下，土地使用权转移以登记为生效要件
   根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。因此，若企业通过作价入股方式取得土地使用权，原则上需完成过户登记手续后，才依法享有土地使用权，协议约定的时间仅具有合同效力，不能直接产生物权变动的法律效果。

2. 例外情形：协议可约定过渡期权利义务，但物权仍以登记为准
   若双方在协议中明确约定“自协议签订之日起，企业即享有土地使用权”，该条款属于合同约定，仅对双方具有约束力，不产生对抗第三人的物权效力。例如：

   • 若企业未办理过户登记，原土地使用权人擅自将土地抵押或转让给第三方，企业无法以协议约定对抗第三方的善意取得；
     
   • 若协议约定过渡期（如“自协议签订至过户完成期间，企业有权使用土地”），企业可依据协议主张实际使用权益，但土地使用权仍登记在原权利人名下，存在法律风险。

3. 实务建议：以登记为核心，协议补充保障

   • 优先办理过户登记：企业应尽快完成土地使用权变更登记，确保物权合法性；
     
   • 协议细化风险条款：在协议中明确约定过户时间、违约责任（如逾期过户的赔偿）、过渡期权益保障（如使用费、收益分配）等，降低法律风险；
     
   • 关注地方政策差异：部分地区可能对土地使用权作价入股有特殊规定（如审批流程、税费优惠），需结合当地政策操作。

总结：土地使用权作价入股时，企业能否依据协议时间享有权利需区分合同效力与物权效力。协议约定仅对双方有效，但物权变动必须以登记为准。建议企业以登记为核心，同时通过协议细化权利义务，保障自身权益。如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。