结论前置：土地使用权作价入股后变更章程约定的作价入股价格，需通过股东会决议修改公司章程，并依法办理工商变更登记手续，同时需确保价格调整符合法律、行政法规及公司章程的强制性规定。以下是具体分析：

1. 法律程序要求

根据《公司法》及《公司登记管理条例》，公司章程的修改需经代表三分之二以上表决权的股东通过（有限责任公司）或经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过（股份有限公司）。因此，变更作价入股价格需：

• 召开股东会：形成书面决议，明确调整后的价格及生效条件；
• 修改章程：在章程中更新土地使用权作价入股的金额条款；
• 工商登记：自决议作出之日起30日内，向公司登记机关申请变更登记，提交修改后的章程及股东会决议等材料。

2. 价格调整的合法性审查

需重点审查价格调整是否违反以下规定：

• 评估合规性：若原作价依据为评估报告，调整价格需重新评估或提供合理依据（如市场价变动、土地用途变更等），避免低价入股损害其他股东或债权人利益；
• 出资义务履行：若调整后价格低于原约定，需确保已足额缴纳出资，否则可能构成出资不实；
• 税务合规：价格调整可能涉及土地增值税、企业所得税等税务问题，需提前与税务机关沟通或咨询税务专业意见。

3. 实务操作建议

• 协议约定优先：若入股协议中已约定价格调整机制（如按评估价定期调整），可直接依据协议执行；
• 全体股东同意：若无法通过法定表决程序修改章程，可尝试与全体股东签订补充协议，明确价格调整条款，但需注意补充协议不得对抗善意第三人；
• 公证或见证：为增强证据效力，可对股东会决议、价格调整依据（如评估报告）进行公证或律师见证。

4. 风险提示

• 程序瑕疵风险：未履行法定程序修改章程或登记的，可能导致变更无效；
• 利益冲突风险：若价格调整涉及关联交易或损害小股东利益，可能被法院撤销；
• 行政处罚风险：未及时办理工商变更登记的，可能被处以罚款。

总结：变更作价入股价格需严格遵循法律程序，确保价格调整合法、合理，并同步完成工商登记。如有复杂情形（如涉及国有资产、跨境投资等），建议进一步提供细节，我将为您定制解决方案。