核心结论：针对早期开荒的无证农田被侵占问题，需分情况处理，关键在于确认土地权属及侵占行为的性质，可依次通过协商、行政投诉、民事诉讼等途径解决。以下是具体分析：

一、确认土地权属是前提

1. 开荒土地的性质
   根据《土地管理法》第四条，我国土地分为国有土地和集体土地。若开荒的土地属于集体所有（如未分配到户的荒地），需先确认集体是否已将土地承包或分配给你。若未分配，你仅享有使用权，无所有权；若已分配（如通过口头协议或长期耕种形成事实承包关系），可主张承包经营权。
   若土地属于国有（如国有荒山、荒地），开荒者通常仅享有临时使用权，需经政府批准才能长期使用。

2. 无证≠无权
   即使没有书面证书，若你能证明长期耕种（如村民证言、耕种记录、缴纳相关费用凭证等），仍可能被认定为实际使用权人。但若土地已被集体或政府明确收回（如纳入征收范围），则可能丧失权利。

二、侵占行为的性质认定

1. 他人侵占的情形

   • 若侵占者是其他村民，可能涉及侵犯土地承包经营权或使用权；
     
   • 若侵占者是村委会或政府，需区分是否合法（如征收、土地调整等）；
     
   • 若侵占者是企业或个人，可能涉及非法占用土地或侵权。

2. 关键证据收集

   • 证明你长期使用土地的证据（如照片、视频、证人证言）；
     
   • 侵占行为的证据（如对方占用土地的现场照片、视频、书面通知等）；
     
   • 土地权属的间接证据（如村委会记录、政府文件、缴费凭证等）。

三、具体解决途径

1. 协商解决

   • 步骤：先与侵占者沟通，明确要求其停止侵占、恢复原状或赔偿损失。
     
   • 优势：成本低、效率高，适合侵占情节较轻或双方关系尚可的情况。
     
   • 注意：协商过程中可邀请村委会或基层调解组织参与，增强说服力。

2. 行政投诉

   • 适用情形：若侵占者是村委会或政府，或侵占行为涉及违法占地（如未经批准建房）。
     
   • 步骤：向当地国土资源部门（现自然资源局）或农业农村部门投诉，要求查处非法占地行为。
     
   • 法律依据：《土地管理法》第七十七条、第七十八条，对非法占地行为可责令退还土地、拆除建筑物并罚款。

3. 民事诉讼

   • 适用情形：协商、行政投诉无果，或侵占者明确拒绝返还土地。
     
   • 案由：以“土地承包经营权纠纷”或“排除妨害纠纷”为由起诉，要求侵占者停止侵害、返还土地并赔偿损失。
     
   • 证据要求：需提供充分证据证明你对土地的使用权及侵占事实。
     
   • 注意：诉讼周期较长，但判决具有强制执行力。

4. 刑事报案（极端情况）

   • 适用情形：若侵占行为涉及故意毁坏财物（如破坏农田设施）、非法占用农用地罪（如改变土地用途建房）等。
     
   • 步骤：向公安机关报案，要求立案侦查。
     
   • 法律依据：《刑法》第二百七十五条（故意毁坏财物罪）、第三百四十二条（非法占用农用地罪）。

四、特殊情形处理

1. 土地已被征收

   • 若土地已被政府依法征收，你需配合征收工作，但可主张补偿（如土地补偿费、安置补助费、青苗补偿费等）。
     
   • 若认为征收程序违法（如未公告、未听证），可提起行政诉讼或申请行政复议。

2. 土地权属争议

   • 若与他人对土地权属有争议，可申请政府确权（如向乡镇政府或县级政府申请土地权属争议调处）。
     
   • 确权前，任何一方不得改变土地现状。

五、建议行动步骤

1. 第一步：收集证据（如耕种记录、证人证言、侵占现场照片等）；
   
2. 第二步：与侵占者协商，或邀请村委会调解；
   
3. 第三步：协商无果的，向自然资源部门投诉或直接起诉；
   
4. 第四步：若涉及刑事犯罪，及时报案。

提示：土地问题涉及地方政策差异，建议根据当地具体情况处理。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合你的证据和当地政策提供更具体的建议。