合同中约定另付税金，在符合法律法规规定且双方意思表示真实的情况下，是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

合法性分析

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。在合同中，双方当事人有权就合同的内容进行协商和约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该约定就是有效的。因此，如果双方在合同中明确约定由一方或双方另行支付税金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定是合法的。
2. 税收法律法规的遵循：虽然合同双方可以约定税金的承担方式，但这种约定必须遵循税收法律法规的规定。例如，增值税、企业所得税等税种的纳税义务人是由法律明确规定的，不能通过合同约定改变。但是，对于一些非法定纳税义务的税金，或者双方可以协商确定承担方式的税金，如印花税等，双方可以在合同中约定由一方或双方承担。

实际操作中的注意事项

1. 明确约定税金种类和承担方式：在合同中，双方应明确约定需要另行支付的税金种类、计算方式、支付时间和支付方式等，以避免后续产生争议。例如，可以约定“本合同项下的交易产生的印花税由买方承担，买方应在合同签订后XX日内向卖方支付印花税金额XX元”。
2. 注意税收法律法规的变化：税收法律法规可能会随着时间和政策的变化而调整，因此双方在签订合同时应充分考虑税收法律法规的变化对合同履行的影响。如果合同履行期间税收法律法规发生变化，导致原约定的税金承担方式不再合法或合理，双方应及时协商调整合同条款。
3. 避免利用约定逃避纳税义务：双方在约定税金承担方式时，应确保不违反税收法律法规的规定，避免利用约定逃避纳税义务。如果双方通过约定将纳税义务转嫁给无纳税义务的一方，或者通过约定减少应纳税额，这种行为可能构成偷税漏税等违法行为，将受到法律的制裁。

可能的法律后果

如果合同中关于另付税金的约定违反了法律法规的强制性规定或公序良俗，那么该约定将被认定为无效。在这种情况下，双方应按照法律法规的规定承担相应的纳税义务，并可能因违法行为而受到法律的制裁。

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