针对您提出的关于国家对退休干部违法违纪不起诉但社保部门进行撤职处理后如何核算退休待遇的问题，以下是我根据相关政策为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，退休干部在违法违纪后，其退休待遇的核算会受到一定影响，具体影响程度取决于违法违纪的性质、处理结果以及相关政策规定。

一、违法违纪后的基本处理原则

对于机关事业单位退休人员，如果其被采取强制措施（如取保侯审、监视居住、刑事拘留、逮捕等）或受到刑事处罚（如判管制、拘役、有期徒刑等），在相应期间内，其退休费待遇通常会停发。特别是被判处有期徒刑以上刑罚的，会取消退休费待遇。这是基于相关政策规定，以确保退休待遇的发放与退休人员的行为表现相符合。

二、撤职处理对退休待遇的影响

撤职处理是一种行政处分，它不同于刑事处罚，但同样会对退休人员的待遇产生影响。在撤职处理的情况下，退休人员的退休费待遇会根据其撤职后的职务、职级等因素进行重新核算。具体来说，撤职后，退休人员将按照其新的职务、职级对应的退休费标准来享受待遇。

三、退休待遇的核算方法

1. 停发与恢复：如果退休人员因违法违纪被停发退休费，但在后续审查中宣告无罪或免予刑事处罚，且不追究违纪责任的，可以从再审宣告无罪或免予刑事处罚的次月起恢复退休费待遇。如果被追究违纪责任，则根据给予的处分相应确定退休费待遇。

2. 撤职后的核算：对于撤职处理的退休人员，其退休费待遇将按照撤职后的职务、职级进行核算。这通常意味着退休费会有所降低，因为撤职后的职务、职级通常低于原职务、职级。

3. 基本养老金调整：在暂停发放养老保险待遇期间，退休人员不参加基本养老金的调整。只有当退休费待遇恢复或重新核算后，才会根据新的待遇标准参与后续的基本养老金调整。

四、具体操作建议

1. 了解政策：首先，建议您详细了解相关政策规定，特别是关于退休人员违法违纪处理、退休费待遇核算等方面的内容。

2. 咨询单位人事部门：您可以向所在单位的人事部门咨询，了解撤职处理后您的退休费待遇将如何核算，以及需要提供哪些材料来办理相关手续。

3. 与社保经办机构沟通：在了解清楚政策规定和单位要求后，您可以与社保经办机构沟通，了解具体的核算流程和所需材料，以便顺利办理退休费待遇的核算和发放手续。

综上所述，退休干部在违法违纪不起诉但受到撤职处理后，其退休待遇的核算将受到一定影响。具体核算方法需根据撤职后的职务、职级以及相关政策规定来确定。建议您详细了解政策、咨询单位人事部门并与社保经办机构沟通，以便顺利办理相关手续。