结论前置：针对“劳动合同法中第三十九条严重违反用人单位的规章制度的反驳”这一问题，劳动者可以从规章制度本身的合法性、合理性、公示性，以及违规行为是否达到“严重”程度、解除程序是否合法等多个角度进行反驳。
一、规章制度本身的合法性、合理性反驳
合法性反驳：
- 法律依据：规章制度必须符合《劳动合同法》及其他相关法律法规的规定，不得与法律法规相抵触。
- 反驳点：若用人单位的规章制度中存在限制劳动者基本权利（如婚姻生育权、休息休假权等）或违反法律强制性规定的内容，劳动者可以主张该规章制度不合法，因此不能作为解除劳动合同的依据。
合理性反驳：
- 法律依据：规章制度应合理适当，避免过于严苛或不切实际的规定。
- 反驳点：劳动者可以主张规章制度中的某些条款过于严苛，不符合行业惯例或企业实际情况，如对轻微违纪行为设定过重的处罚，从而质疑规章制度的合理性。
二、规章制度公示性的反驳
- 法律依据：用人单位需通过有效方式（如张贴公告、组织培训、电子邮件等）将规章制度公示或告知劳动者，并保留相关证据。
- 反驳点：若劳动者能够证明自己并未收到或知晓用人单位的规章制度，或者用人单位无法提供有效的公示证据，劳动者可以主张规章制度对自己不产生约束力，因此不能作为解除劳动合同的依据。
三、违规行为严重性的反驳
行为性质反驳：
- 反驳点：劳动者可以主张自己的行为并未达到“严重”违反规章制度的程度，如只是轻微违纪或无意中的疏忽，并未造成严重后果。
后果影响反驳：
- 反驳点：若用人单位主张劳动者的行为造成了重大经济损失或声誉损害，劳动者可以要求用人单位提供具体证据，并质疑损失或损害的严重性是否达到解除劳动合同的标准。例如，可以主张损失金额未达到规章制度中规定的“重大”标准，或者损害并未对用人单位的业务产生实质性影响。
主观恶意反驳：
- 反驳点：若用人单位主张劳动者存在主观恶意，劳动者可以提供相反证据，如自己并非故意违规，而是由于疏忽大意或误解规章制度导致的违规行为。
四、解除程序合法性的反驳
通知工会反驳：
- 法律依据：用人单位在解除劳动合同前，应事先将理由通知工会，并听取其意见。
- 反驳点：若劳动者能够证明用人单位在解除劳动合同前未履行通知工会的义务，或者工会并未对解除劳动合同提出异议，劳动者可以主张解除程序不合法。
证据保留反驳：
- 法律依据：用人单位应增强证据意识，及时调查并记录劳动者的违规行为，确保在劳动争议中有据可依。
- 反驳点：若劳动者能够证明用人单位在解除劳动合同过程中未提供充分证据证明自己的违规行为，或者证据存在瑕疵（如监控录像不清晰、证人证言矛盾等），劳动者可以主张解除劳动合同缺乏事实依据。
五、实务建议
- 劳动者角度：在面临用人单位以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同时，劳动者应首先了解并熟悉用人单位的规章制度内容，评估自己的行为是否确实违反了规章制度，并判断违规行为的严重性。同时，劳动者应积极收集证据，如规章制度文本、公示证据、违规行为记录等，以备在劳动争议中维护自己的合法权益。
- 用人单位角度：用人单位在制定规章制度时，应确保规章制度的合法性、合理性和公示性。在解除劳动合同前，应充分评估违规行为的严重性，并确保解除程序合法合规。同时，用人单位应增强证据意识，及时调查并记录劳动者的违规行为，以确保在劳动争议中有据可依。
总结：针对“劳动合同法中第三十九条严重违反用人单位的规章制度的反驳”这一问题，劳动者可以从多个角度进行反驳，包括规章制度本身的合法性、合理性、公示性，以及违规行为是否达到“严重”程度、解除程序是否合法等。在面临劳动争议时，劳动者应积极收集证据并寻求专业法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。