结论前置：工作三年保底但拿不够保底工资，辞职时一般不应被扣工资，但具体是否扣工资还需根据劳动合同的具体约定以及实际情况来判断。以下从多个角度进行分析：
一、劳动合同约定
保底工资条款：如果劳动合同中明确约定了保底工资，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位应当按照约定支付保底工资。在这种情况下，如果因为用人单位的原因导致员工未能拿到保底工资，员工辞职时，用人单位无权扣除员工工资。
辞职与扣工资条款：劳动合同中如果约定了员工辞职时需要扣除工资的条款，需要仔细审查该条款的合法性。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除员工工资，除非是因为员工给用人单位造成了经济损失，且该损失需要员工承担赔偿责任。因此，如果劳动合同中的扣工资条款违反了法律法规的强制性规定，或者没有明确的法律依据，那么该条款是无效的，用人单位不能据此扣除员工工资。
二、实际情况分析
未拿够保底工资的原因：需要分析员工未拿够保底工资的具体原因。如果是因为用人单位的原因，如未提供足够的工作量、未按时支付工资等，那么员工辞职时，用人单位无权扣除工资。如果是因为员工自身的原因，如旷工、迟到早退等违反公司规章制度的行为导致工资减少，那么员工可能需要承担一定的责任，但用人单位也不能随意扣除工资，而是需要按照公司规章制度和法律法规的规定进行处理。
辞职程序与工资结算：员工在辞职时，应当按照公司规章制度和法律法规的规定办理辞职手续，并与用人单位进行工资结算。如果用人单位在工资结算过程中存在违法行为，如无故拖欠工资、克扣工资等，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
三、法律建议
审查劳动合同：建议员工在辞职前仔细审查劳动合同中的相关条款，特别是关于保底工资和辞职扣工资的条款，确保自己的权益不受侵害。
与用人单位协商：如果员工发现用人单位存在违法行为或者合同条款存在争议，可以与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，必要时也可以向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
举例说明：假设员工小张与用人单位签订了一份为期三年的劳动合同，合同中明确约定了保底工资为每月5000元。然而，在实际工作中，由于用人单位未提供足够的工作量，导致小张每月只能拿到4000元的工资。在这种情况下，如果小张选择辞职，用人单位无权扣除小张的工资，因为未拿够保底工资的原因是用人单位造成的。如果用人单位试图扣除小张的工资，小张可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结：工作三年保底但拿不够保底工资时，辞职是否扣工资需根据劳动合同的具体约定以及实际情况来判断。员工在辞职前应当仔细审查劳动合同中的相关条款，并与用人单位进行协商。如果协商无果，可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。