作废的宅基地协议作废后，通常需根据协议作废的原因及实际情况，采取相应的处理措施，主要包括以下几种情况：

1. 协议因违反法律法规而作废

   • 处理方式：若宅基地协议因违反国家法律法规（如未经批准擅自转让宅基地、转让给非集体经济组织成员等）而被认定无效或作废，双方应恢复原状，即宅基地使用权应返还给原权利人，受让方应将宅基地及地上附着物（如有）返还给转让方。同时，若因协议无效给一方造成损失的，有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
   • 法律依据：根据《民法典》第一百五十七条，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

2. 协议因双方协商一致而作废

   • 处理方式：若宅基地协议是双方协商一致后作废的，双方应签订书面协议，明确作废的意思表示，并约定作废后的相关事宜，如宅基地使用权的归属、地上附着物的处理、已支付款项的退还等。协议作废后，双方应按照约定履行各自的义务，确保宅基地的合法使用和管理。
   • 注意事项：在协商作废协议时，双方应充分沟通，确保各自权益得到妥善保障。同时，为避免后续纠纷，建议将作废协议及协商过程进行公证或见证。

3. 协议因一方违约而作废

   • 处理方式：若宅基地协议因一方违约（如未按约定支付转让款、未按约定使用宅基地等）而被另一方要求作废的，违约方应承担违约责任，赔偿守约方因此所受到的损失。同时，宅基地使用权应返还给原权利人或按照协议约定进行处理。
   • 法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

4. 协议作废后的宅基地管理

   • 处理方式：无论宅基地协议因何种原因作废，作废后宅基地的使用和管理都应符合相关法律法规的规定。原权利人应依法使用宅基地，不得擅自改变宅基地用途或进行非法转让。若宅基地长期闲置或存在其他违法使用情况，相关部门有权依法进行处理。
   • 建议：为避免宅基地闲置或违法使用，原权利人可以考虑将宅基地出租给符合条件的承租人使用，或按照当地政策规定进行宅基地的复垦、流转等。