在运输合同未支付运费的情况下，网上起诉立案应选择的案由是“公路货物运输合同纠纷”或“水路货物运输合同纠纷”，具体取决于运输方式。以下是对这一问题的详细分析：

一、案由选择依据

1. 运输合同性质：

   • 运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。当托运人或收货人未按照约定支付运费时，承运人有权通过法律途径追讨。

2. 案由分类：

   • 根据运输方式的不同，运输合同纠纷可以细分为公路货物运输合同纠纷、水路货物运输合同纠纷、航空货物运输合同纠纷等。在网上起诉立案时，需要根据实际的运输方式选择相应的案由。

二、具体案由选择

1. 公路货物运输合同纠纷：

   • 如果运输方式是通过公路进行的，那么应选择“公路货物运输合同纠纷”作为案由。这适用于大多数陆路运输场景，包括长途货运、城市配送等。

2. 水路货物运输合同纠纷：

   • 如果运输方式是通过水路（如河流、湖泊、海洋等）进行的，那么应选择“水路货物运输合同纠纷”作为案由。这适用于内河航运、沿海运输以及国际海运等场景。

三、网上起诉立案流程（以一般流程为例，具体可能因地区而异）

1. 准备材料：

   • 起诉状：详细陈述诉讼请求、事实和理由。
   • 证据材料：包括运输合同、运单、发票、付款记录等，以证明运输关系的存在以及未支付运费的事实。
   • 身份证明：原告和被告的身份证明文件。

2. 选择法院：

   • 根据合同履行地或被告住所地确定管辖法院。在网上起诉立案时，通常需要选择具有管辖权的法院进行在线提交。

3. 在线提交：

   • 登录当地法院的网上诉讼服务平台，按照提示填写相关信息并上传准备好的材料。
   • 提交后，等待法院审核并通知立案结果。

四、法律建议

1. 明确运输方式：

   • 在起诉前，务必明确运输方式，以便选择正确的案由。

2. 收集充分证据：

   • 确保收集到足够的证据来证明运输关系的存在以及未支付运费的事实。这有助于增加胜诉的可能性。

3. 咨询专业律师：

   • 虽然我已经为你提供了基本的法律指导，但每个案件都有其独特性。如果你在起诉过程中遇到任何疑问或困难，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。

综上所述，在运输合同未支付运费的情况下，网上起诉立案应选择的案由取决于运输方式。希望这些信息能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。