结论前置：培训机构在学生退费时扣除销售人员提成是否合法，需根据具体情况判断，主要看合同约定、公司规章制度以及是否违反法律法规的强制性规定。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 若合同中有明确约定：如果培训机构与销售人员签订的劳动合同或相关协议中，明确规定了在学生退费时需要扣除销售人员提成，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除行为是合法的。因为合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律，双方都应遵守。

2. 若合同中无明确约定：如果合同中没有明确规定学生退费时需要扣除销售人员提成，那么培训机构单方面扣除提成可能构成违约行为。销售人员可以依据合同约定，要求培训机构支付全额提成或承担违约责任。

二、公司规章制度角度

1. 规章制度合法且已告知：如果培训机构的规章制度中明确规定了在学生退费时扣除销售人员提成的条款，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并向销售人员进行了公示或告知，那么这种扣除行为在内部管理上是合法的。但同样需要注意，该规章制度不能违反法律法规的强制性规定。

2. 规章制度不合法或未告知：如果培训机构的规章制度未经过民主程序制定，或者未向销售人员公示或告知，或者规章制度中的扣除提成条款违反了法律法规的强制性规定，那么这种扣除行为是不合法的。销售人员可以拒绝接受，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

三、法律法规角度

1. 不违反法律法规强制性规定：培训机构在学生退费时扣除销售人员提成的行为，只要不违反《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的强制性规定，就是合法的。例如，不能因为学生退费就无故克扣销售人员的工资或提成，这违反了《劳动法》中关于工资支付的规定。

2. 违反法律法规强制性规定：如果培训机构在学生退费时扣除销售人员提成的行为违反了法律法规的强制性规定，如无故克扣工资、提成等，那么这种行为是不合法的。销售人员可以依法维护自己的合法权益，如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。

建议与风险提示

• 对于销售人员：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于提成、工资支付等方面的约定。如果发现合同中有不合理的条款或公司规章制度中有违法的规定，应及时提出异议并寻求法律帮助。
• 对于培训机构：在制定规章制度和签订劳动合同时，应确保条款的合法性和合理性。避免因为学生退费等情形而单方面扣除销售人员的提成或工资，以免引发劳动争议和法律风险。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。