结论：村上是否有权作废荒山合同，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同面积不符的性质与后果
合同瑕疵：如果荒山合同中约定的面积与实际面积存在不符，这通常被视为合同的一种瑕疵。根据《民法典》的相关规定，合同瑕疵可能影响合同的效力，但并不必然导致合同无效或被撤销。
双方协商：在发现合同面积不符后，双方应首先尝试通过协商解决。如果双方能够就面积不符的问题达成一致，比如通过补充协议修正面积，或者就面积差异部分达成新的约定，那么合同可以继续履行。
二、村上作废合同的法律依据与限制
法定解除权：村上作为合同的一方，如果希望作废合同，必须依据法律规定的解除条件来行使解除权。例如，如果合同中明确约定了面积不符作为解除合同的条件，或者面积不符导致合同目的无法实现，那么村上可能有权解除合同。但这种情况需要具体分析合同条款和实际情况。
程序要求：即使村上有权解除合同，也必须按照法律规定的程序进行。这通常包括通知对方、协商、诉讼或仲裁等步骤。村上不能单方面、无依据地作废合同。
三、实际面积大于或小于合同面积的处理
实际面积大于合同面积：如果实际荒山面积大于合同约定的面积，村上通常不能因此作废合同。双方可以协商就超出部分的面积达成新的约定，比如增加租金或调整其他合同条款。
实际面积小于合同面积：如果实际荒山面积小于合同约定的面积，这可能构成村上的违约行为。在这种情况下，另一方（如承包方）有权要求村上承担违约责任，比如赔偿损失或调整租金等。但这并不直接导致合同被作废，除非双方协商一致或符合法律规定的解除条件。
四、建议与措施
核查合同条款：首先，双方应仔细核查合同条款，特别是关于面积、违约责任和解除条件等方面的约定。
协商解决：在发现面积不符后，双方应积极协商，尝试达成一致意见。这有助于维护双方的合作关系，并避免不必要的法律纠纷。
寻求法律帮助：如果双方无法协商一致，或者对合同条款的理解存在争议，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律意见，帮助双方明确权利义务，并协商解决方案。
考虑诉讼或仲裁：如果协商无果，双方可以考虑通过诉讼或仲裁来解决争议。这需要根据合同中的约定或相关法律法规来确定管辖机构和程序。
总结：村上是否有权作废荒山合同，取决于合同条款、实际情况以及法律规定的解除条件。在处理此类问题时，建议双方首先尝试协商解决，并寻求专业律师的帮助以确保合法权益得到保障。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。