针对您提出的“地方保护的企业违法怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及多方面因素和复杂情况的议题。地方保护主义下的企业违法行为，不仅损害了市场公平竞争的原则，也影响了营商环境的优化和法治社会的建设。以下是我对此问题的详细解答：

一、理解地方保护主义与企业违法的关系

地方保护主义往往表现为地方政府或相关部门出于地方利益、税收考虑等因素，对本地企业采取偏袒或保护措施，甚至默许或纵容其违法行为。这种行为严重破坏了市场经济的公平竞争环境，阻碍了资源的优化配置和经济的健康发展。

二、处理地方保护下企业违法的原则

1. 依法处理：无论企业是否受到地方保护，其违法行为都应依法受到惩处。法律面前人人平等，这是法治社会的基本原则。

2. 公正透明：处理过程应公开透明，确保所有相关方都能了解处理进展和结果，避免暗箱操作和权力寻租。

3. 责任追究：不仅要追究违法企业的责任，还要对涉嫌地方保护的相关部门和人员进行责任追究，形成有效的震慑。

三、具体处理措施

1. 加强监管与执法：

   • 各级监管部门应加强对企业的日常监管，及时发现并纠正违法行为。
   • 对于涉嫌地方保护的企业违法行为，应加大执法力度，确保法律得到严格执行。

2. 建立举报与反馈机制：

   • 鼓励公众和企业内部人员举报违法行为，建立便捷的举报渠道和保密机制。
   • 对举报属实的给予奖励，形成全社会共同监督的氛围。

3. 加强跨部门协作：

   • 打破部门壁垒，加强市场监管、税务、环保等部门的协作，形成合力打击违法行为。
   • 建立信息共享和联合执法机制，提高执法效率和效果。

4. 推动司法公正：

   • 司法机关应独立行使审判权，不受地方保护主义的干扰。
   • 对于涉及地方保护的案件，应依法公正审理，确保法律得到正确实施。

5. 完善法律法规：

   • 不断完善相关法律法规，明确地方保护主义的法律责任和惩处措施。
   • 提高法律的针对性和可操作性，为打击地方保护下的企业违法行为提供有力法律支撑。

四、案例与启示

在实际操作中，已经有一些成功打击地方保护下企业违法行为的案例。这些案例表明，只要依法处理、公正透明、责任追究到位，就能有效遏制地方保护主义下的企业违法行为。同时，这些案例也为我们提供了宝贵的经验和启示，即要加强监管与执法、建立举报与反馈机制、加强跨部门协作、推动司法公正和完善法律法规等。

五、总结与展望

处理地方保护下的企业违法行为是一项长期而艰巨的任务。我们需要坚持依法处理、公正透明、责任追究的原则，采取加强监管与执法、建立举报与反馈机制、加强跨部门协作、推动司法公正和完善法律法规等具体措施。同时，我们也需要不断总结经验教训，不断完善工作机制和方法手段，以更好地应对未来可能出现的挑战和问题。相信在全社会的共同努力下，我们一定能够营造一个公平、透明、法治的营商环境。