关于“公司违反区域保护规定怎么处罚”的问题，首先需要明确的是，“区域保护规定”可能涉及多个领域，如环境保护、城乡规划、市场经营等，不同领域的规定和处罚措施也会有所不同。以下我将结合您提供的参考信息，以环境保护领域为例，给出一个较为详细的解答。
在环境保护领域，如果公司违反了区域保护规定，比如夜间在噪声敏感建筑物集中区域进行产生噪声的建筑施工作业而未取得相关部门证明，那么根据具体的法律法规，如《重庆市环境保护条例》，该公司可能会面临以下处罚：
责令改正：生态环境主管部门会首先责令公司改正其违法行为，即停止夜间施工或取得相应的施工证明。
罚款：根据违法行为的严重程度和具体法规，公司可能会被处以一定数额的罚款。以《重庆市环境保护条例》为例，违反规定进行夜间施工且未取得证明的，可能会被处以一万元以上十万元以下的罚款。具体罚款数额会由执法部门根据裁量基准和公司的配合情况等因素决定。
暂停施工：如果公司拒不改正其违法行为，执法部门还可以进一步采取暂停施工的措施，直至公司改正并满足相关要求。
其他法律责任：除了上述处罚外，公司还可能面临其他法律责任，如信用信息公示、失信行为联合惩戒等。特别是如果公司的违法行为被认定为严重生态环境违法失信行为，还可能会被纳入信用信息公示系统，影响其市场信誉和经营活动。
需要注意的是，不同地区的具体法规和处罚措施可能会有所不同。因此，如果公司确实面临了违反区域保护规定的问题，建议尽快咨询当地的生态环境主管部门或专业律师，以了解具体的法律要求和处罚措施，并积极配合执法部门的工作，以便尽快解决问题并恢复正常的经营活动。