结论前置：股权转让协议无效时，公司是否承担返还责任需视具体情况而定，但通常情况下，公司负有协助办理股权返还及变更登记的义务，而直接的财产返还责任主要由转让双方承担。以下是对此问题的详细分析：
一、股权转让协议无效的法律后果
自始无效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的股权转让协议自始没有法律约束力，即协议中的各项条款和内容均无法律效力。这意味着，所有因协议而产生的权利义务关系均须恢复到协议签订前的状态。
财产返还：
- 股权转让协议无效后，转让方需将收受的股权转让款返还给受让方，同时受让方也需将所取得的股权（包括相应的股利）返还给转让方。这是基于《民法典》第一百五十七条的规定，即民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还。
赔偿损失：
- 有过错的一方应赔偿对方由此所受到的损失，双方均有过错的，则各自承担相应责任。赔偿范围限于返还财产后仍无法弥补的财产损失，包括直接和间接损失。但需注意，受让方因不法侵害公司合法权益导致的公司利益直接受损及股东利益间接受损部分，不属于赔偿范围。
二、公司的责任与义务
协助办理变更登记：
- 在股权转让协议无效的情况下，公司应协助转让双方办理股权变更登记手续，将股权恢复到原始状态。这包括修改公司章程、变更股东名册以及前往登记机关办理股东变更登记等。
不直接承担返还责任：
- 通常情况下，公司并不直接承担股权转让款的返还责任。这一责任主要由转让双方根据各自的过错程度来承担。然而，如果公司因股权转让协议无效而遭受了损失（如因转让方或受让方的过错导致公司信誉受损、经营受阻等），公司有权要求过错方承担相应的赔偿责任。
三、特殊情况下的责任承担
恶意串通损害第三方利益：
- 若股权转让协议无效是因双方恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的，那么因此取得的财产应收归国家所有或返还集体、第三人。在此情况下，公司可能因涉及恶意串通行为而面临行政处罚或刑事责任，但这并不直接等同于公司承担返还责任。
公司作为善意第三人的情况：
- 如果公司作为善意第三人，在不知情的情况下接受了股权变更登记，且已支付了合理对价，那么公司可能构成善意取得。在此情况下，原转让方只能要求受让方承担相应的赔偿责任，而无法直接要求公司返还股权或承担返还责任。
四、建议与总结
证据收集与诉讼时效：
- 在主张股权转让协议无效并要求承担责任时，当事人应充分收集证据以证明自己的主张，包括但不限于协议文本、转账记录、沟通记录等。同时，当事人应在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁，以免丧失胜诉权。
法律咨询与风险防范：
- 在签订股权转让协议前，双方应进行充分的尽职调查和法律咨询，确保协议的合法性、有效性和完整性。对于可能出现的无效情形，应提前约定好处理方式和责任划分，以最大程度地保护各方权益。
总结来说，股权转让协议无效时，公司通常不直接承担返还责任，但负有协助办理股权变更登记的义务。直接的财产返还责任主要由转让双方根据各自的过错程度来承担。在处理此类纠纷时，建议当事人充分收集证据、咨询专业律师（即向我咨询），并确保在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁。