结论：公司不盈利两年后是否可以起诉，这取决于具体的法律关系和纠纷类型，不能一概而论。以下我将从不同角度为您详细分析。

一、股东与公司之间的纠纷

1. 股东知情权诉讼：

   • 如果股东认为公司不盈利可能涉及管理层隐瞒财务信息或不当经营，股东有权依据《公司法》的规定，提起股东知情权诉讼，要求查阅公司账簿、会议记录等文件，以了解公司的真实财务状况和经营情况。
   • 时间限制：此类诉讼通常没有严格的时效限制，但股东应在发现或应当发现权益受损之日起合理期限内提起诉讼，以避免因拖延过久而影响证据的收集和诉讼效果。

2. 股东利润分配请求权诉讼：

   • 如果公司连续多年不盈利，且股东认为公司有可分配利润但未进行分配，股东可以依据《公司法》和公司章程的规定，提起股东利润分配请求权诉讼。
   • 时间限制：此类诉讼的时效通常为三年，自股东知道或应当知道其权利受到侵害之日起计算。但需注意，如果公司章程或股东会决议对利润分配有特别约定，应遵循约定。

二、公司与债权人之间的纠纷

1. 合同纠纷：

   • 如果公司因不盈利而无法履行与债权人签订的合同，债权人可以依据《民法典》中关于合同违约的规定，提起合同纠纷诉讼，要求公司承担违约责任。
   • 时间限制：此类诉讼的时效通常为三年，自债权人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

2. 破产清算或重整：

   • 如果公司长期不盈利，且资不抵债，债权人或公司自身可以依据《企业破产法》的规定，向法院申请破产清算或重整。
   • 时间限制：破产申请的提出没有严格的时效限制，但应尽早提出以避免公司资产进一步流失和债务进一步扩大。

三、其他相关纠纷

1. 劳动争议：

   • 如果公司不盈利导致拖欠员工工资或违反劳动合同约定，员工可以依据《劳动法》和《劳动合同法》的规定，提起劳动争议诉讼或申请劳动仲裁。
   • 时间限制：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

2. 税务纠纷：

   • 如果公司不盈利但存在税务问题，如偷税漏税等，税务机关可以依法对公司进行税务稽查和处罚。公司或相关责任人如果对税务机关的处罚决定不服，可以依法提起行政复议或行政诉讼。
   • 时间限制：行政复议的申请期限通常为六十日，自知道该具体行政行为之日起计算；行政诉讼的起诉期限通常为六个月，自知道或者应当知道作出行政行为之日起计算。

建议：针对您提出的问题，由于涉及的法律关系和纠纷类型多样，且每种情况下的时间限制和诉讼策略都有所不同，因此我建议您在具体操作前，先明确您与公司之间的法律关系和纠纷类型，然后咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。