核心结论：公司与自然人存在真实交易但个人无法提供票据时，公司可采取以下措施应对，具体如下：

1. 要求个人补开发票
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位或个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。若个人因疏忽未开具，公司可要求其到税务机关代开发票。代开流程通常需提供交易合同、付款凭证、个人身份证明等材料，税务机关审核后会代开相应发票。

2. 以其他凭证替代发票入账
   若个人确实无法开具发票（如已注销、失联或属于小额零星经营），公司可依据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第九条，以内部凭证+外部佐证材料作为税前扣除凭证：

   • 内部凭证：如付款记录、收据、入库单、验收单等，需加盖公司公章或财务章；
     
   • 外部佐证材料：如交易合同、物流单据、银行转账记录、个人签字确认的交易说明等。
     需注意，此类凭证需能证明交易的真实性、合法性与关联性，否则可能被税务机关认定为不合规凭证。

3. 调整交易方式或主体

   • 通过第三方平台交易：若个人长期与公司合作，可建议其注册为个体工商户或通过灵活用工平台交易，由平台代开发票；
     
   • 分拆交易金额：若单次交易金额超过500元（增值税起征点），可协商分多次交易，使每次金额低于起征点，此时个人可免开发票（但需留存交易记录作为凭证）；
     
   • 改用现金支付为银行转账：避免现金交易难以留痕，银行转账记录可作为交易佐证。

4. 税务风险防范

   • 合规性审查：公司需定期自查无票支出，确保交易真实且凭证完整，避免被税务机关认定为“虚开发票”或“偷逃税款”；
     
   • 税务筹划：对频繁发生无票交易的业务，可考虑调整业务模式（如将个人服务外包给公司），或通过税收优惠地区注册主体降低税负；
     
   • 沟通与协商：与个人明确交易前需提供发票的义务，并在合同中约定违约责任（如扣减部分款项或终止合作），以降低后续纠纷风险。

温馨提示：若公司已发生大量无票支出，建议尽快梳理交易记录，补全凭证或调整账务处理，避免年末汇算清缴时被税务机关调整应纳税所得额。如有具体案例或操作疑问，可直接向我咨询，我会结合实际情况提供更详细的解决方案。