护士进修三个月后违约金的计算需根据具体合同约定及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 合同有明确约定时，违约金以约定为准，但不得超过法定上限
   若护士与医院签订的进修合同中明确约定了违约金数额（如固定金额或按进修费用比例计算），则原则上以合同约定为准。但根据《民法典》第五百八十五条，违约金不得过分高于实际损失，若医院主张的违约金超过其实际损失的30%，护士可请求法院或仲裁机构予以调减。
   示例：合同约定违约金为进修费用总额的50%，若医院实际损失仅为进修费用的20%，则法院可能将违约金调整至26%（20%×1.3）。

2. 合同未约定违约金时，以实际损失为赔偿范围
   若合同未约定违约金，但医院因护士违约遭受实际损失（如已支付的进修费用、因护士离职导致的岗位空缺损失等），护士需赔偿医院的实际损失。此时，医院需举证证明损失的具体金额，护士可对损失的合理性提出抗辩。
   示例：医院为护士支付了3万元进修费用，护士提前离职导致医院需临时聘请替代人员花费1万元，则医院可主张的赔偿范围为4万元（需扣除护士已提供的劳动价值）。

3. 违约金与赔偿损失不可同时主张，择一适用
   根据《民法典》第五百八十四条，医院只能在违约金与实际损失赔偿中选择其一主张，不得重复获赔。若合同约定的违约金低于实际损失，医院可主张按实际损失赔偿；若违约金高于实际损失，医院仅能主张违约金（但需接受法院调减）。

建议行动：

• 护士应首先审查进修合同中关于违约金的条款，明确约定内容；
  
• 若合同未约定或约定不明，可要求医院提供实际损失的证据，评估赔偿合理性；
  
• 若认为违约金过高或赔偿范围不合理，可委托律师通过协商或诉讼途径争取调减。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或案件细节。