当工伤申请受理后，如果提交的资料存在问题，工伤科会按照既定的流程和规定来通知申请人。具体来说，这个过程是这样的：

首先，社会保险行政部门（即工伤科）在收到工伤认定申请后，会在15日内对申请人提交的材料进行审核。这是为了确保申请材料的完整性和符合性。

如果在审核过程中发现材料不完整或者存在问题，工伤科不会直接拒绝申请，而是会以书面形式一次性告知申请人需要补正的全部材料。这个书面通知会明确列出哪些材料缺失或者不符合要求，以及补正的具体要求和时限。

申请人收到这个书面通知后，需要按照通知的要求尽快补正材料。补正材料后，申请人需要再次提交给工伤科进行审核。工伤科在收到全部补正材料后，会在15日内再次作出受理或者不予受理的决定。

如果申请人按照书面告知要求补正了材料，并且材料符合要求，那么工伤科就会受理工伤认定申请，并出具《工伤认定申请受理决定书》。这个决定书会明确告知申请人工伤认定申请已经被受理，以及后续的流程和注意事项。

所以，如果工伤申请受理后资料有问题，工伤科会通过书面形式一次性告知申请人需要补正的全部材料，并等待申请人补正后再次进行审核。这个过程确保了工伤认定申请的公正性和准确性，也保护了申请人的合法权益。