关于您提出的“二次入职是否要有等待期，以及是否需要再次约定试用期”的问题，这主要取决于具体的法律法规和公司的内部政策，但我可以根据一般情况和相关法律法规给您一个清晰的解答。

首先，需要明确的是，二次入职本身并不直接涉及“等待期”的概念。等待期通常不是法律或常规流程中明确规定的，它可能因公司内部政策、岗位需求或特定情况而有所设置，但并非普遍要求。

接下来，关于二次入职是否需要再次约定试用期，这主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。根据该法第十九条：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这意味着，无论劳动者是初次入职还是二次入职，只要是在同一用人单位，且劳动者身份未发生根本性变化（如从非全日制转为全日制等特殊情况外），用人单位都不得再次约定试用期。

您提到的《劳动部关于实行劳动合同制度若干问题的通知》(劳部发〔1996〕354号)和原劳动部办公厅《关于〈劳动法〉若干条文的说明》(劳办发〔1994〕289号)中，虽然有关于不同岗位可重新约定试用期的表述，但这些内容与《中华人民共和国劳动合同法》不一致时，应优先适用《中华人民共和国劳动合同法》。这是因为《劳动合同法》是更高级别的法律规范，具有更高的法律效力。

因此，对于您提到的员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位的情况，尽管两个岗位的职责和层级完全不同，但根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位不得再次与该员工约定试用期。

综上所述，二次入职通常不涉及等待期的问题，且在同一用人单位内，无论岗位如何变化，都只能约定一次试用期。希望这个解答能够清晰、详细且深入地解答您的疑问。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。