针对“以合作名义剥夺经营权给公司造成重大损失如何处理”这一问题，核心结论如下：

1. 立即采取法律行动，固定证据并评估损失
   首先需通过法律手段固定关键证据，包括合作协议、剥夺经营权的具体行为记录（如会议纪要、书面通知、沟通记录等）、公司因该行为产生的直接损失（如财务数据、合同违约证明）及间接损失（如商誉损害、客户流失等）。建议委托专业机构进行损失评估，形成具有法律效力的鉴定报告，为后续追责提供依据。

2. 分析合作协议条款，确定违约或侵权性质
   需重点审查合作协议中关于经营权分配、决策机制、违约责任等条款。若对方行为构成根本违约（如单方修改协议、强行接管核心业务），可依据《民法典》第五百六十三条主张解除合同并要求赔偿；若行为超出协议范围（如利用合作身份干预公司管理），可能构成侵权，需依据《民法典》第一千一百六十五条追究侵权责任。若涉及关联交易或利益输送，还需结合《公司法》第二十一条（股东滥用权利）或第二百一十六条（关联关系损害公司利益）进行追责。

3. 选择追责路径：协商、诉讼或仲裁

• 协商解决：若对方有和解意愿，可要求其停止侵权、恢复经营权并赔偿损失，需签订书面和解协议并公证；
  
• 诉讼/仲裁：若协商无果，需根据合作协议中的争议解决条款（如仲裁条款）选择向法院起诉或申请仲裁。诉讼中可申请财产保全，防止对方转移资产；
  
• 刑事报案：若对方行为涉嫌职务侵占（如利用职务便利非法占有公司财物）、背信损害上市公司利益（如上市公司高管违规操作）或合同诈骗（如虚构合作目的骗取经营权），可向公安机关报案，追究刑事责任。

1. 完善公司治理，预防同类风险
   事后需修订公司章程及合作协议，明确经营权分配、决策程序及违约责任；建立内部监督机制（如设立监事会或独立董事），对合作方行为进行动态监控；定期对合作项目进行法律合规审查，确保运营符合《公司法》《民法典》及行业监管要求。

提示：具体操作需结合案件细节（如合作模式、损失范围、对方主体性质等）制定策略，建议携带全部材料与我进一步沟通，我将协助设计完整的维权方案。