仲裁庭认为仲裁条款无效时，若仲裁裁决已经作出，符合法定情形的，当事人可以向法院申请撤销该仲裁裁决；若仲裁程序尚未结束，则可能直接导致仲裁程序终止，无需再通过“撤案”这一形式来结束。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁条款无效对仲裁程序的影响
仲裁条款是仲裁程序启动的基础，它约定了双方当事人将争议提交仲裁解决的意愿和方式。当仲裁庭认为仲裁条款无效时，这意味着仲裁庭认为双方当事人没有达成有效的仲裁协议，或者仲裁协议存在瑕疵，导致仲裁庭无法依据该协议对争议进行仲裁。
仲裁程序终止：在仲裁程序尚未结束的情况下，如果仲裁庭认定仲裁条款无效，那么仲裁程序将无法继续进行，因为缺乏有效的仲裁协议作为支撑。此时，仲裁庭可能会直接终止仲裁程序，而无需再通过“撤案”这一形式来结束。
已作出的仲裁裁决：如果仲裁庭在认定仲裁条款无效之前已经作出了仲裁裁决，那么该裁决的效力将受到质疑。在这种情况下，当事人可以根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销该仲裁裁决。
二、申请撤销仲裁裁决的法律依据与情形
根据《中华人民共和国仲裁法》第五十八条的规定，当事人提出证据证明裁决有下列情形之一的，可以向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决：
- 没有仲裁协议：即双方当事人在纠纷发生前或发生后未达成书面仲裁协议，或者仲裁协议无效。
- 裁决的事项不属于仲裁协议的范围或者仲裁委员会无权仲裁：即仲裁庭对超出仲裁协议约定范围的事项进行了裁决，或者该事项依法不属于仲裁委员会的受理范围。
- 仲裁庭的组成或者仲裁的程序违反法定程序：例如，仲裁员与案件有利害关系而未回避，或者仲裁过程中剥夺了当事人的辩论权利等。
- 裁决所根据的证据是伪造的：即裁决所依据的关键证据系伪造或变造。
- 对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据：即一方当事人故意隐瞒了对案件结果有重大影响的关键证据。
- 仲裁员在仲裁该案时有索贿受贿，徥私舞弊，枉法裁决行为：即仲裁员在仲裁过程中存在严重的违法违纪行为。
三、申请撤销仲裁裁决的程序与后果
- 申请期限：当事人应当自收到裁决书之日起六个月内提出撤销申请。超过此期限，法院将不予受理。
- 管辖法院：应向仲裁委员会所在地的中级人民法院提出申请。
- 提交材料：申请人需提交申请书及相关证据材料，证明裁决存在法定可撤销情形。
- 法律后果：
- 裁决被撤销：若法院审查后认为符合撤销条件，将裁定撤销原仲裁裁决。此时原裁决自始无效，当事人可通过诉讼等方式重新解决争议。
- 维持原裁决：若法院认定不符合撤销条件，将驳回申请。原仲裁裁决继续有效，当事人应履行裁决确定的义务。
四、特殊注意事项
- 一裁终局原则：国内仲裁实行一裁终局制度，裁决作出后即产生法律效力。撤销程序是法律赋予的特殊救济途径，并非普通上诉程序。
- 仲裁条款无效后的争议解决：如果仲裁条款被认定无效，且当事人无法就新的争议解决方式达成一致，那么当事人可以向人民法院提起诉讼，通过诉讼程序来解决争议。
综上所述，仲裁庭认为仲裁条款无效时，对仲裁程序的影响及后续处理方式取决于仲裁程序所处的阶段。若您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。