结论：公司罚款是否可以仅发基本工资，需根据具体情况判断，若公司罚款合法且扣除后工资不低于当地最低工资标准，则可能合法；若罚款不合法或扣除后工资低于最低工资标准，则不合法。以下从多个角度详细分析：
一、公司罚款的合法性
法律依据：
- 根据《劳动合同法》及相关法律法规，公司并非在任何情况下都有权对员工进行罚款。罚款通常需要有明确的规章制度作为依据，且该规章制度需经过民主程序制定、公示或告知员工，并不得违反法律法规的强制性规定。
- 若公司规章制度中明确规定了罚款的情形、金额及程序，且该规章制度合法有效，则公司有权依据规章制度对员工进行罚款。
罚款的合理性：
- 即使公司规章制度中规定了罚款，罚款的金额也应合理，不得过高，且应与员工的违规行为性质、情节及后果相适应。
- 若罚款金额过高或不合理，可能被视为对员工权益的侵害，员工有权提出异议或寻求法律救济。
二、罚款与工资的关系
工资扣除的合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》，因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 若公司罚款并非基于员工给公司造成经济损失，而是基于其他原因（如违反规章制度等），则罚款的扣除需遵循公司规章制度及法律法规的相关规定，且同样不得违反最低工资标准的规定。
基本工资与罚款：
- 基本工资是员工工资的组成部分，公司罚款时不得仅发放基本工资而忽略其他工资组成部分（如奖金、津贴等），除非公司规章制度或劳动合同中有明确约定。
- 若公司罚款后仅发放基本工资，且该基本工资低于当地最低工资标准，则公司的行为违法，员工有权要求公司补足差额或寻求法律救济。
三、实际操作建议
对于公司：
- 制定合法有效的规章制度，明确罚款的情形、金额及程序。
- 在罚款前与员工进行沟通，确保员工了解罚款的原因及依据。
- 罚款时遵守法律法规的规定，不得违反最低工资标准等强制性规定。
对于员工：
- 了解公司的规章制度及法律法规的相关规定，确保自己的权益不受侵害。
- 若对公司罚款有异议，可与公司进行沟通协商或寻求法律救济。
- 保留相关证据（如工资条、罚款通知等），以便在需要时维护自己的权益。
举例说明：假设某员工月工资为5000元，其中基本工资为3000元，奖金为2000元。若公司因员工违规对其罚款1000元，且该罚款合法有效。则公司扣除罚款后应支付员工工资4000元（5000-1000）。若当地最低工资标准为3500元，则公司需确保扣除罚款后员工的工资不低于3500元。若公司仅发放基本工资3000元作为扣除罚款后的工资，则低于最低工资标准，公司的行为违法。
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