若在超市买到保质期内的变质食品，要求赔偿1000元但超市不同意，您可以按照以下步骤处理：

一、明确法律依据与赔偿标准

根据《中华人民共和国食品安全法》第一百四十八条，消费者因购买不符合食品安全标准的食品受到损害的，有权向经营者或生产者要求赔偿损失，并可要求支付价款十倍或损失三倍的赔偿金。若增加赔偿的金额不足1000元，则按1000元计算。这是您要求赔偿1000元的直接法律依据。

二、保留关键证据

1. 购物凭证：如购物小票、发票等，这些是证明购买行为及购买时间、地点、商品名称、价格的关键证据。
2. 变质食品及其包装：保持食品原包装及剩余食品的完整性，确保生产日期、保质期等信息清晰可见，以证明所购食品在保质期内已变质。

三、与超市协商赔偿

1. 沟通方式：冷静、理性地与超市客服部门或相关负责人沟通，明确表达您的赔偿诉求，并出示相关证据。
2. 赔偿诉求：根据《食品安全法》的规定，要求超市赔偿您因食用变质食品造成的损失（如医疗费用等），并支付价款十倍或损失三倍的赔偿金。若增加赔偿的金额不足1000元，则要求按1000元赔偿。

四、若协商无果，可采取以下措施

1. 向相关部门投诉：

   • 投诉途径：拨打全国统一的消费者投诉举报专线电话12315，或登录全国12315平台网站、使用其手机APP提交投诉，上传相关证据材料。
   • 配合调查：市场监管部门受理投诉后，将进行调查。您应积极配合，提供所需证据或信息。

2. 考虑法律诉讼：

   • 前提条件：若与超市协商无果，且对市场监管部门的调解结果不满意。
   • 准备诉讼材料：收集起诉状、身份证复印件、购物凭证、变质食品照片等证据材料。起诉状需明确原告、被告信息，诉讼请求（即要求超市赔偿1000元等），以及事实和理由。
   • 提起诉讼：将准备好的诉讼材料提交至有管辖权的法院，通常是超市所在地的基层人民法院。法院将依法审理并作出判决。

五、注意事项

1. 标签瑕疵例外：若食品的标签、说明书存在不影响食品安全且不会对消费者造成误导的瑕疵，则不适用上述赔偿规定。但在此案例中，您购买的是变质食品，通常不属于标签瑕疵范畴。
2. 实际损失与赔偿金额：若您因食用变质食品产生了实际损失（如医疗费用），在要求赔偿时，应将这些损失纳入考虑范围。若价款十倍或损失三倍的赔偿金已超过1000元，则应按实际计算出的较高金额进行赔偿。

六、示例说明

假设您购买了价值50元的变质食品，食用后导致身体不适并产生了200元的医疗费用。根据《食品安全法》的规定，您可要求超市赔偿您的医疗费用200元，并支付价款十倍（即500元）或损失三倍（即600元）的赔偿金。由于增加赔偿的金额不足1000元，因此您有权要求超市按1000元进行赔偿。

综上所述，若超市不同意赔偿1000元，您应保留好相关证据，与超市进行沟通协商。若协商无果，可向相关部门投诉或考虑通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。