结论前置：个税申报后通过现金存入银行并依据三方协议完成缴款的行为，在符合法定程序和协议约定的情况下是合法的。以下从不同角度进行详细分析：

1. 三方协议的法律性质与效力
   三方协议通常指纳税人、税务机关与银行签订的委托扣款协议，其本质是民事委托合同。根据《民法典》第919条，委托合同是委托人和受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同。只要协议内容不违反法律强制性规定（如《税收征收管理法》第30条关于税款缴纳方式的规定），且各方意思表示真实，协议即具有法律效力。因此，通过三方协议约定现金存入银行账户完成税款缴纳的方式，在协议框架内是合法的。

2. 现金缴款的合法性边界
   现金缴款本身不违法，但需满足两个条件：

   • 资金来源合法：若现金来源于合法收入（如工资、劳务报酬等），且已依法申报个税，则现金存入行为合法；若现金涉及偷逃税、洗钱等违法行为，则可能触犯《刑法》第201条逃税罪或第191条洗钱罪。
     
   • 缴款程序合规：根据《税收征收管理法实施细则》第34条，纳税人可直接到税务机关办理纳税申报，也可通过银行转账或现金方式缴纳税款。若三方协议明确约定“现金存入指定账户”作为缴款方式，且银行能够实时将缴款信息反馈至税务系统，则该方式符合程序要求。

3. 潜在风险与合规建议

   • 风险点：若三方协议未明确约定现金缴款方式，或银行未及时将缴款信息同步至税务机关，可能导致税务系统显示“未缴款”，进而引发滞纳金或行政处罚（《税收征收管理法》第68条）。
     
   • 合规操作：
     
     1. 签订三方协议时，明确约定“现金存入指定账户”为缴款方式之一，并留存银行盖章的现金缴款凭证；
        
     2. 缴款后通过电子税务局或银行APP查询缴款状态，确保税务系统显示“已缴款”；
        
     3. 保留现金来源证明（如工资条、劳务合同等），以备税务机关核查。

总结：只要三方协议合法有效、现金来源合法、缴款程序合规，个税申报后通过现金存入银行完成缴款的行为是合法的。但为避免风险，建议优先选择银行转账等可追溯性更强的缴款方式，并严格按协议约定操作。如有进一步疑问，可直接向我咨询。