能源供应企业擅自提高价格违法收取费用的，一般由市场监督管理部门责令整改。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国价格法》第三十九条，经营者不执行政府指导价、政府定价以及法定的价格干预措施、紧急措施的，责令改正，没收违法所得，可以并处违法所得五倍以下的罚款；没有违法所得的，可以处以罚款；情节严重的，责令停业整顿。而市场监督管理部门是负责市场价格监管的主要部门，对于能源供应企业这类经营者的价格违法行为，有权依据该法进行查处并责令整改。例如，某能源供应企业在未获得政府相关部门批准的情况下，擅自将天然气价格提高了20%，市场监督管理部门在接到举报或检查发现后，就会责令该企业将价格恢复到合法水平，并对其违法行为进行相应的处罚。

监管职责划分角度

在我国，不同的政府部门有着明确的职责划分。能源供应企业的价格行为涉及到市场秩序和消费者权益保护等方面。市场监督管理部门承担着维护市场秩序、监管市场主体经营行为的重要职责，其中就包括对价格违法行为的监管。像电力、燃气等能源供应企业，如果存在擅自提价等违法行为，市场监督管理部门会依据相关法律法规进行调查处理，责令其整改，以保障市场的公平竞争和消费者的合法权益。比如，某电力公司在用电高峰期，未经许可自行提高了工业用电的价格，市场监督管理部门介入后，会要求该公司立即停止这种违法行为，并按照规定的价格标准执行。

实际案例角度

在实际生活中，也有不少能源供应企业因擅自提高价格被市场监督管理部门责令整改的案例。曾经有一家供热企业，在供暖季来临前，未按照政府规定的价格标准，擅自提高了供暖费用。居民们发现后向市场监督管理部门进行了举报。市场监督管理部门经过调查核实，确认该企业存在价格违法行为，随即向其下达了责令整改通知书，要求该企业在规定时间内将多收取的费用退还给居民，并将供暖价格调整回合法水平。同时，对该企业还处以了一定数额的罚款，以起到警示作用。

如果你在能源供应企业价格违法相关方面还有其他疑问，或者涉及到具体的法律纠纷需要处理，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。