能源供应企业擅自提高价格违法收取费用的，一般由市场监督管理部门责令改正。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与部门职责

根据《中华人民共和国价格法》的相关规定，市场监督管理部门（在部分地区可能具体为价格主管部门）负责监督价格行为，查处价格违法行为。当能源供应企业擅自提高价格，违法收取费用时，市场监督管理部门有权进行调查，并根据调查结果责令企业改正其违法行为。

具体处理流程

1. 投诉举报：消费者或相关利益方在发现能源供应企业擅自提高价格后，可以向当地的市场监督管理部门进行投诉举报。
2. 调查取证：市场监督管理部门在接到投诉举报后，会展开调查，收集相关证据，包括价格调整的通知、收费记录等。
3. 责令改正：如果调查证实能源供应企业确实存在擅自提高价格、违法收取费用的行为，市场监督管理部门会依法责令企业改正，并可能根据情节轻重处以罚款等行政处罚。

可能的法律后果

1. 行政处罚：除了责令改正外，能源供应企业还可能面临罚款、没收违法所得等行政处罚。这些处罚的力度会根据违法行为的严重程度和造成的后果来决定。
2. 民事赔偿：如果能源供应企业的违法行为给消费者或相关利益方造成了损失，受害者还有权要求企业进行民事赔偿。

特殊情况说明

虽然市场监督管理部门是主要的监管部门，但在某些特定情况下，其他部门也可能涉及。例如，如果能源供应企业的行为同时违反了其他相关法律法规（如反垄断法），那么反垄断执法机构也可能介入调查和处理。不过，在大多数情况下，市场监督管理部门是处理此类价格违法行为的主要部门。

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