员工非法侵占公司财产，是否离职确实会影响案件的处理方式和法律后果，但不影响其行为的违法性认定。以下从不同角度详细分析：
一、离职与否对刑事责任的影响
在职期间非法侵占：
- 如果员工在职期间非法侵占公司财产，且数额较大，可能构成职务侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
- 在职期间侵占，公司通常更容易收集证据，如财务记录、监控录像、同事证言等，以证明员工的侵占行为。
离职后被发现非法侵占：
- 即使员工已经离职，如果其在职期间非法侵占了公司财产，且数额达到刑事立案标准，仍然可能被追究刑事责任。离职状态不影响犯罪的成立和刑事责任的追究。
- 离职后追责可能面临一些挑战，如证据收集难度增加、员工可能已转移或隐匿财产等。但公司仍可以通过法律途径，如报警、提起刑事诉讼等，来维护自身权益。
二、离职与否对民事责任的影响
在职期间非法侵占：
- 员工在职期间非法侵占公司财产，除了可能承担刑事责任外，还可能面临民事赔偿责任。公司有权要求员工返还侵占的财产，并赔偿因此造成的损失。
- 在职期间，公司可以通过内部纪律处分、扣发工资、奖金等方式，对员工进行一定的经济制裁，但这并不免除员工的民事赔偿责任。
离职后被发现非法侵占：
- 离职后，如果员工被发现在职期间非法侵占了公司财产，公司仍然有权要求员工返还财产并赔偿损失。这通常需要通过民事诉讼来实现。
- 在民事诉讼中，公司需要提供充分的证据证明员工的侵占行为以及因此造成的损失。如果证据充分，法院将判决员工承担返还财产和赔偿损失的责任。
三、实际操作中的建议
对于公司而言：
- 一旦发现员工非法侵占公司财产，无论其是否在职，都应立即采取措施收集证据，如财务记录、监控录像、合同文件等。
- 及时报警，并配合警方进行调查。同时，可以考虑聘请专业律师进行法律咨询和代理，以更好地维护公司权益。
- 如果员工已经离职，且难以联系或拒绝配合，公司可以通过法律途径，如提起民事诉讼或申请强制执行等，来追回损失。
对于员工而言：
- 如果意识到自己可能涉及非法侵占公司财产的行为，应立即停止该行为，并主动向公司坦白并返还财产。
- 如果已经被公司或警方调查，应积极配合调查，并寻求专业律师的帮助，以了解自己的法律权利和义务，并制定合适的应对策略。
总结来说，员工非法侵占公司财产，无论是否离职，都可能面临刑事和民事责任。公司应及时采取措施收集证据并维护自身权益，而员工则应积极配合调查并寻求法律帮助。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。