发现员工存在偷盗行为且嫌疑人仍在工作中，企业应当采取以下措施来应对：

1. 立即调查取证：

   • 企业应迅速启动内部调查程序，收集与偷盗行为相关的证据，如监控录像、物品缺失记录、员工证言等。这些证据将对于后续的法律程序至关重要，能够证明员工的偷盗行为及其造成的损失。
   • 在调查过程中，企业应确保调查的合法性和公正性，避免侵犯员工的合法权益，如隐私权等。

2. 根据调查结果采取相应措施：

   • 若证据确凿：企业可以依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，对涉事员工进行纪律处分，如警告、罚款、解除劳动合同等。同时，企业应考虑向公安机关报案，以便依法追究员工的刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
   • 若证据不足或存在争议：企业应谨慎处理，避免对员工进行不公正的处罚。此时，企业可以与员工进行沟通，了解其解释和辩解，并进一步收集证据或寻求法律意见。

3. 加强内部管理：

   • 企业应借此机会加强内部管理，完善安全防范措施，如增加监控设备、加强门禁管理、定期进行安全检查等，以防止类似事件再次发生。
   • 同时，企业应加强对员工的法制教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和道德水平，营造诚信、守法的企业文化。

4. 考虑法律后果与风险防控：

   • 在处理员工偷盗行为时，企业应充分考虑法律后果和风险防控。例如，在解除劳动合同时，企业应确保解除程序的合法性和合规性，避免因解除不当而引发劳动争议或法律诉讼。
   • 此外，企业还应考虑是否需要对其他员工进行安抚和解释工作，以维护企业的稳定和团结。

若企业在处理过程中遇到法律难题或不确定如何操作，建议直接向我咨询。作为专业律师，我能够提供具体的法律建议和指导，帮助企业妥善处理员工偷盗行为，维护企业的合法权益和声誉。