事业单位员工辞职违约金一般不能从工资里划扣。下面我将从法律角度详细解释这一结论：
法律解释
劳动合同法的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有辞职的权利，且用人单位不得随意克扣劳动者的工资。
- 违约金作为双方约定的一种违约责任承担方式，其支付应当基于双方的明确约定，并且不得违反法律法规的强制性规定。
违约金的支付方式：
- 违约金通常应当通过双方协商确定支付方式，如通过银行转账、现金支付等方式进行。
- 将违约金直接从工资中划扣，可能涉及对劳动者合法权益的侵犯，因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，不应被随意扣减。
特殊情况下的处理：
- 如果双方在劳动合同中明确约定了违约金可以从工资中划扣，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在劳动者辞职时可以从工资中划扣相应的违约金。
- 但这种约定应当公平、合理，且不得损害劳动者的合法权益。
法律建议
- 查看劳动合同：劳动者在辞职前，应仔细查看自己的劳动合同，了解其中关于违约金和工资支付的相关规定。
- 与用人单位协商：如果劳动合同中有关于违约金从工资中划扣的约定，劳动者可以与用人单位进行协商，争取更合理的支付方式。
- 寻求法律援助：如果劳动者认为自己的合法权益受到了侵犯，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
综上所述，事业单位员工辞职时，违约金一般不能从工资里划扣。如果双方有争议，建议通过协商或法律途径解决。