事业单位能否收违约金，主要取决于是否存在法定的可以约定违约金的情形。以下是对此问题的详细分析：
可以约定违约金的法定情形
服务期约定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，用人单位（包括事业单位）为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。若劳动者违反服务期约定，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 具体应用：在事业单位中，如果单位为工作人员提供了专项培训并约定了服务期，而工作人员在服务期未满时擅自离职，那么单位有权要求其按照约定支付违约金。
竞业限制约定：
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并约定竞业限制条款。若劳动者违反竞业限制约定，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 具体应用：对于涉及商业秘密或知识产权等需要保密的事项的事业单位岗位，如果与工作人员约定了竞业限制条款，而工作人员在离职后违反了该约定，那么单位也有权要求其支付违约金。
不得随意约定违约金的情形
- 法律依据：除了上述特定的可以约定违约金的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这是《中华人民共和国劳动合同法》及相关法规的明确规定。
- 具体应用：在事业单位中，如果劳动合同中未涉及服务期约定和竞业限制约定，且单位未为工作人员提供专业培训或支付培训费用，那么单位不能随意在合同中设定违约金条款要求工作人员支付违约金。
特殊情况下的考虑
- 人事关系的影响：部分事业单位与工作人员之间的关系属于人事关系，可能受到人事政策和相关规定的影响。在这种情况下，除了遵循《劳动合同法》的一般原则外，还需考虑特定的人事管理规定。但无论如何，都不能违反法律法规中关于违约金约定的基本原则。
- 法律法规的更新：随着法律法规的不断更新和完善，关于事业单位劳动合同违约金的规定也可能发生变化。因此，在实际操作中，应密切关注相关法律法规的最新动态，以确保合同的合法性和有效性。
总结与建议：
- 事业单位在劳动合同中约定违约金时，必须严格遵循法律法规的规定，仅限于服务期约定和竞业限制约定等法定情形。
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定相关条款，并合理设定违约金的数额和支付方式。同时，应确保所有约定均不违反相关法律法规，以避免后续产生纠纷。
- 如果发生争议，当事人可以通过人事争议仲裁或诉讼等途径来维护自身合法权益。
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