结论：镇企业办100%控股企业被拆迁，村集体领取补偿款是否合法，需根据具体情况判断，包括企业性质、土地使用权归属、拆迁补偿协议签订主体及补偿款分配约定等因素。以下从不同角度进行分析：
一、企业性质与土地使用权归属
若企业为独立法人且土地使用权归企业所有：
- 在这种情况下，企业作为独立的法律主体，拥有土地使用权和房屋所有权。拆迁补偿款应归企业所有，村集体无权直接领取。
- 若村集体未经企业同意，擅自领取补偿款，可能构成侵权，企业有权要求村集体返还补偿款，并可能追究其法律责任。
若企业土地使用权来源于村集体且存在约定：
- 如果企业使用的土地原本属于村集体，且双方有明确约定（如租赁、合作等），在拆迁时，补偿款的分配可能需根据约定执行。
- 若约定中明确拆迁补偿款归村集体所有，或双方有共同分配的协议，则村集体领取补偿款可能合法。但需注意，此类约定需符合法律法规，不得损害企业合法权益。
二、拆迁补偿协议签订主体
若企业作为被拆迁人与拆迁方签订补偿协议：
- 补偿款应直接支付给企业，村集体无权领取。若村集体领取，企业有权要求返还。
若村集体作为被拆迁人或代表企业签订补偿协议：
- 这需看企业是否授权村集体代为签订协议。若企业明确授权，且协议中约定补偿款归村集体或双方共同分配，则村集体领取补偿款可能合法。
- 若企业未授权，或授权不明确，村集体擅自签订协议并领取补偿款，可能构成无权代理或侵权，企业有权要求返还补偿款并追究责任。
三、补偿款分配约定
- 无论企业性质如何，若拆迁补偿协议中明确约定了补偿款的分配方式（如归企业、归村集体或双方按比例分配），则应按约定执行。
- 若协议中未明确约定，或约定不明确，则需根据相关法律法规和实际情况进行判断。通常，补偿款应归拥有土地使用权和房屋所有权的主体所有。
四、法律建议
核实企业性质与土地使用权归属：
- 企业应首先核实自己的性质（是否为独立法人）和土地使用权归属情况，以确定自己在拆迁中的权益。
审查拆迁补偿协议：
- 企业应仔细审查拆迁补偿协议的内容，特别是关于补偿款支付对象和分配方式的条款。
及时沟通与协商：
- 若发现村集体擅自领取补偿款或存在其他争议，企业应及时与村集体沟通协商，寻求妥善解决方案。
寻求法律帮助：
- 若协商无果，企业可寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：镇企业办100%控股企业被拆迁时，村集体领取补偿款是否合法需根据具体情况判断。企业应核实自己的性质和土地使用权归属情况，审查拆迁补偿协议内容，并及时与村集体沟通协商。如有必要，可寻求专业律师的帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。