村集体土地被征收补偿款由上一级乡政府发放是不合法的。具体分析如下：

一、法律依据

根据《土地管理法实施条例》及相关法律规定，土地征收补偿款通常应由县级及以上地方人民政府发放，并负责组织和实施补偿款的发放工作。乡政府通常没有直接发放补偿款的权力，除非得到了县级以上政府的明确授权，并且严格按照授权范围和程序进行。

二、不合法性分析

1. 超越职权：乡政府未经县级以上政府批准，擅自发放补偿款，超越了其法定职权范围。
2. 程序违法：合法的土地征收补偿款发放应遵循严格的法定程序，包括计算补偿款数额、审核、拨付到指定银行账户、再发放给相关权利人。若乡政府未按照这些程序操作，则属于程序违法。
3. 可能损害被征收人权益：若乡政府未经授权或未按照法定程序发放补偿款，可能会损害被征收人的合法权益，如补偿款被截留、挪用或未按时足额发放等。

三、建议

1. 核实乡政府行为：建议被征收人核实乡政府发放补偿款的行为是否得到了县级以上政府的授权，并查看相关授权文件。
2. 依法维权：若乡政府行为不合法，被征收人可以依法向县级以上政府或相关部门反映情况，要求纠正违法行为，并保障其合法权益。
3. 咨询专业律师：如遇复杂情况或法律纠纷，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

综上所述，村集体土地被征收补偿款由上一级乡政府发放是不合法的，除非得到了县级以上政府的明确授权，并且严格按照法定程序和规定进行操作。被征收人应依法维护自己的合法权益，确保补偿款能够按时足额发放到位。