结论：在纪检查办的案子已移交检察机关后，若相关证人未予承认的线索，可采取以下措施来应对和处理。
一、法律背景与程序说明
证据的收集与固定：
- 在纪检监察阶段，若已收集到相关线索或证据，应确保这些证据在移交检察机关前已得到妥善固定和保存。这包括书面材料、录音录像、证人证言等。
- 若证人未予承认的线索在纪检监察阶段未得到充分固定，移交检察机关后，检察机关可能会重新进行调查取证。
检察机关的调查权：
- 检察机关作为法律监督机关，有权对移交的案件进行独立调查，包括重新询问证人、收集新证据等。
- 若证人未予承认的线索对案件定性或量刑有重要影响，检察机关可能会采取更严格的调查措施，如技术侦查、鉴定等。
二、应对策略与建议
补充证据：
- 若原线索因证人未予承认而显得薄弱，可尝试寻找其他相关证据来佐证。例如，寻找其他目击者、收集物证、书证等。
- 也可以考虑通过技术手段来恢复或固定证据，如恢复被删除的电子数据、对物证进行鉴定等。
重新询问证人：
- 检察机关在调查过程中，可能会重新询问原证人，尝试通过不同的询问方式或技巧来获取更真实的证言。
- 辩护律师也可以申请检察机关对证人进行重新询问，或提出自己的询问提纲，以引导证人提供更有利于被告人的证言。
利用法律程序：
- 若认为检察机关的调查取证行为存在违法或不当之处，可以依法提出异议或申请排除非法证据。
- 在庭审阶段，辩护律师可以充分利用质证权，对检察机关提交的证据进行质证，提出反驳意见或申请证人出庭作证。
与检察机关沟通：
- 在案件移交检察机关后，辩护律师应积极与检察机关沟通，了解案件进展和证据情况。
- 可以就证人未予承认的线索与检察机关进行讨论，提出自己的观点和看法，争取检察机关的理解和支持。
三、可能面临的法律后果
证据不足的风险：
- 若证人未予承认的线索无法得到其他证据的佐证，可能导致该线索在法律上无法被采纳，从而影响案件的定性或量刑。
案件退回补充侦查：
- 若检察机关认为案件证据不足或存在疑问，可能会将案件退回纪检监察机关补充侦查，或自行补充侦查。
影响案件结果：
- 证人未予承认的线索若对案件有重要影响，其处理结果可能直接关系到案件的最终判决结果。因此，应高度重视并积极应对。
四、实际操作中的注意事项
- 保持冷静与理性：面对证人未予承认的线索，应保持冷静与理性，不要盲目乐观或悲观。要客观分析线索的法律价值和证据效力，制定合理的应对策略。
- 及时沟通与协作：与纪检监察机关、检察机关保持及时沟通与协作，了解案件进展和证据情况。同时，也要与被告人及其家属保持沟通，解释法律程序和可能的结果。
- 注重证据的合法性与关联性：在收集、固定和提交证据时，要注重证据的合法性与关联性。确保证据来源合法、内容真实、与案件有关联，以提高证据的采纳率和证明力。
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